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基因重组分析软件RDP4分析演示

2019-07-18 5页 doc 356KB 132阅读

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基因重组分析软件RDP4分析演示1、要分析一个重组事件,首先需要一些基础软件的支持,其中最重要的是mega2、打开一个.meg格式的文件:左击鼠标open按钮。3、点击页面顶端options按钮,进入General页面选择一系列参数:选择你的序列是环状还是线性,检测所需要的方法,建议选择默认的选项(RDP,GENECONVandMAXCH你选择的方式越多,消耗时间越长。如果你分析的是小型数据(小于50个序列),你还可以选择CHIMAERABOOTSCA闻日SISCAN。一般不使用LARD方法,除非在验证重组时间或检测小于20个序列的数据时。再看右边的选项,在...
基因重组分析软件RDP4分析演示
1、要一个重组事件,首先需要一些基础软件的支持,其中最重要的是mega2、打开一个.meg的文件:左击鼠标open按钮。3、点击页面顶端options按钮,进入General页面选择一系列参数:选择你的序列是环状还是线性,检测所需要的,建议选择默认的选项(RDP,GENECONVandMAXCH你选择的方式越多,消耗时间越长。如果你分析的是小型数据(小于50个序列),你还可以选择CHIMAERABOOTSCA闻日SISCAN。一般不使用LARD方法,除非在验证重组时间或检测小于20个序列的数据时。再看右边的选项,在你第一次分析数据时,应该选上disentangleoverlappingevents选项,如果分析时卡住了再取消分析,把这个选项删掉就可以了。其他选项选择默认就可以了Di^aincePlotsFtec-omtinsdioLnRsdes(LDHsi)Era^rpcintdistributiorplotMatricesTreesSCl-EWAEP(JENECDMVBodscan|MnCN|dninaera||FhylPrt|VieRD|LARC*De(eelionOptemScquence-sdcdrci^larHigheracceptableP-ValueBortferomcoiediori3[05-4l|印时。鸵四Ophoins15Feqjirephylogerieticevidence际Polishbreal;pdnt$|R/CheckaligrmentconsistencyPernutAtioTODtimsl~DiiseritangleovorkippingiigrchNumbeiofpermdatiDnsP-1SnowoverxiewdiuingscanUseSFQGEKD^ramAlirir!*imul毗ims:纠ListAna^seSeciuenMSUsrcRDP.Dhirnaera□厂丁EootSMn■口GENECONV■rMawCii□Fl
的含义rACTACTACCkFACTACTACCA1W3lordly?也耳kkrditv>5QU旧面tv>251l^hrdivLGTOCiGTG/Igcgc■gtocIgtgcHgtgcIgtgcCTICCikAGTGCcrkccAkW^rrc鼠标悬空在某个核苜酸上会显示出该核苜酸处丁何序列的具体位置。右击鼠标可以保存不同形式你想要nrjpiji-nTATGTGlALTAZTi:mJGT广ETA^lljA.'LA'TiTGTd1TACGrHTATGTTjta.vgtgI!TATGTG1.BrA7GTTA7GT明WSHHe略cdfeAaftqjnRDF11GM。。取11Rnrl£ltpc£iCMG-SAAG.Splitth*al『电nLintojl**d-L^JnadsbaseJondeIec■e>1rt]ifeii11SaveMilyej[-l_sdFTimrin:itferviajnrp^r^ntFaiil^ftderiCiTFircitT?>inorpmrEt:5fltflFcwlactDCvinjH奴h虹kplctwittiFwladewvira-..Clcu:cvl^ur5«vi>ta卜叩fil#Chof*ir#*tyr#TiivQjiUulii点击右上角的"cyclethroughtrees”按钮即可以用该序列的不同部分进行做树分析。包括:(1)根据重组序列的不同部分分别作树(2)只有已确认的重组区域做树(即用minorparent部分)(3)只用已确认的非重组区域做树(即majorparent部分)(4)忽略重组的所有区域做树。在同一个页面显示两棵树可以追踪一个序列在不同区域做树后的变化,左击树上的某个序列可以标记这个序列在树上的位置。在树的部位右击会出现一系列的选项,比如“活除颜色”“自动选择颜色”“自主选择颜色”等,可以把树上的序歹0分别弄上不同的颜色。你还可以选择不同方法做树,包括:neighbourjoining,leastsquares,maximumlikelihood,andBayesiantrees."Mark[sequencename]asalsohavingevidenceofthisevent”和"Mark[sequencename]asnothavingevidenceofthisevent.”选项可以使你在树上手动修改你认为RDP所犯的错误,就是如果你认为这个序列不属于这个重组事件你可以把它从该事件中剔除,或这个序列本应属于该重组事件,但RDP^E他排除在外了,你可以认为把它加进去。"Goto[sequencename]”选项可以指弓I你在schematicsequencedisplay板块看至U这个序列。"Recheckplotwith[sequencename]asrecombinant/minorparent/majorparent”选项可以使你看到如果你替换了重组序列/次要母本/主要母本(即树中的红色、蓝色和绿色序列)其中的一个序列后,进化树会变成什么样子。TheMatrixDisplay点击主面板上的Matrix选项,就会显示出矩阵图像,有好多种矩阵的显示方法供你选择。右击鼠标或者点击主面板上的下拉三角都可以选择。如果你确定一个重组事件真的发生了,这时你就要仔细检查RDPW没有准确判断出重组发生的位点,和有没有夸大或过小分组的现象,你就要用其他RDP<供的附加应用进行验证。可使用的方法简介:RDPmethod,GENECONV,Bootscanning,MaxChi,Cimaera,3SEQandSiScan.是7种基本验证程序,LARD,PHYLPRO,distanceplotsandTOPAL.是四种附加验证程序。RDP:8.1GENECONVAAGGCGATAGCAGGTAGGCTTATATTACGGCATAAAACGCGattGCaGGaaGGCatatgttatGGCatGGCGattCCtGGaaGCCttacGtaatGGCatAAGGTGATAGCAGGTAGCCTTACATAATCGCATGGCGataGCaGGtaGGcttacgttatcgcatGGCGAAGCAGGIGGCCIIACAIIAIGGCAIAA:SelectthreesequencesanddiscardallGAGATGTTATCCTGAAGATGTTGTCTACTCGATInformation-richsub-sequenceMultiplesequencealignmentnon-informativesitesMoveaslidingwindowacrosssub-sequenceandcalculatepairwiseidentitiesRecordsignificantevidenceofrecombinationRepeatwiththenextthreesequencesLNN!P=GXN二=M(m!(N-m)!)pNX(1-p)N-mCalculatesignificancewhere:CheckforevidenceofrecombinationGisthetotalnumberofofpossiblesequencetripletsListheLengthofthesequenceNisthelengthoftheputativelyrecombinantregionmistheproportionofnucleotidesincommonbetweentheputativerecombinantandparentalsequencesintherecombiantregionpistheproportionofnucleotidesincommonbetweentheputativerecombinantandparentalsequencesintheentiresequence.B1.0ynd6e1.07x10-6p0.5wP0.017601521PositioninalignmentPotentialrecombinantregionPositionsofinformativesitesMajorparent:recombinantplotP-ValueMinorparent:recombinantplotMinorparent:majorparentplot22823043Figure8.TheoriginalRDPmethod.ATheanalysisprocedure.BAnexamplepairwiseidentityplot.DiscardmonomorphicsitesAAGGCGATAGCAGGTAGGCTTATATTACGGCATAACGCGATTGCAGGAAGGCATATGTTATGGCATAAGGCGATTCCTGGAAGCCTTACGTAATGGCATAAGGTGATAGCAGGTAGCCTTACATAATCGCATAAGGCGATAGCAGGTAGGCTTACGTTATCGCATAAGGCGATAGCAGGTGGCCTTACATTATGGCATMultiplesequencealignmentGCAGATAGTTATCGCCTGAAAGATGTTGGCTCTAACTCGATGGTAGATACTCAATCGCAGATAGTCGTTCGCAGATGCTCATTGGCAGATAGTTATCGCCTGAAAGATGTTGSelect2sequencesfromthepolymorphicsitealignmentSelectthenexttwosequencesRecordsignificantfragmentsUsingfragmentscoreslookforregionsinthepairwisealignmentwheresequenceshaveunusuallyhighsimilarityFragmentscore=I-Where:IisthenumberofidenticalsitesinafragmentCalculatesignificanceoffragmentscoresbypermutationtestingand/orcalculationofKarlin-AltshulBLAST-likeP-valuesBDisthenumberonnon-identicalsitesinafragmentNtisthetotalnumberofpolymorphicsitesintheoriginalalignmentNdisTotalnumberofnon-identicalsitesinthesequencepairGistheG-scalevalue.3.71.80.0CPotentialrecombinantregionGlobalP-ValuecutoffLocalP-ValuecutoffHighscoringalignedpair(HSAP)PotentialrecombinantregionGlobalP-Valuecutoff3.31.60.017601521Positioninalignment22823043Minorparent:recombinantHSAPLocalP-ValuecutoffMajorparent:recombinantHSAPMinorparent:majorparentHSAPFigure9.TheGENECONVmethod.ATheanalysisprocedure.BAnexampleplotofhighscoringalignedpairs(HSAPsorfragments).CAnexampleplotinwhichGENECONVisusedtochecktheRDPderivedresultinFig8B.8.2Bootscanning8.3注意事项:RDP4只是一种检测手段,也会出现很多的错误,不能完全依赖RDP4^判断重组。我们可以从以下几方面入手来减少RDP4发生错误的概率:1、尽量Select3sequencesanddiscardmonomorphicsitesAAGGCGATAGCAGGAAGGCATATGTTACGGCAT]AAGGCGATTCCTGGAAGCCTTACGTAATGGCATAAGGTGATAGCAGGTAGCCTTACATAATCGCAT」AAGGCGATAGCAGGTAGGCTTACGTTATCGCATAAGGCGATAGCAGGTGGCCTTACATTATGGCATGAGATGTTATCRecordsignificantevidenceofrecombination6.9MultiplesequencealignmentRepeatwiththenextthreesequencesRepeatwiththenext2sequencesorproceedtothenextstepWhenallthreepairwisescansarecompletechecksignificanceofpeaksusingP-valueand/orapermutationtestandmatchpeakstofindrecombinantregionsGAGATGTTATCCTGAAGATGTTCTGAAGATGTTGTCTACTCGATSelect2sequencesfromthepolymorphicsitealignmentMoveaslidingwindowwithacentralpartitionacrossthepair-wisealignmentandcalculatea2x22ofthedifferencebetweentheproportionsofsitesoccupiedbythesameanddifferentbasesoneithersideofthepartitionCheckforevidenceofrecombinationbreakpointsPotentialrecombinantregionPositionsofinformativesites3.40.0Majorparent:recombinantplotMCcorrectedP-ValuecutoffMinorparent:majorparentplotMinorparent:recombinantplotUncorrectedP-Valuecutoff1760152122823043Positioninalignment4.12.00.0MCcorrectedP-ValuecutoffChisquareP-valueplotUncorrectedP-ValuecutoffPositioninalignmentFigure11.TheMaxChimethod.ATheanalysisprocedurewhentheMaxChi"scantriplets"settingisused.Whenthe"scanentiredatasetsimultaneouslysettingisusedtheanalysisprocedureisthesameexceptthatthereisonlyoneanalysiscyclewiththepolymorphicsitealignmentbeingproducedfromtheentirealignment(insteadofitbeingproducedfromthecurrentlyselectedtriplet)BAnexampleofChisquaredP-valueplotsusedtoconfirmtheRDPderivedresultinFig8B.CAnexampleplotinwhichMaxChiisusedtochecktheGENECONVderivedresultinFig9B.Potentialrecombinantregion多收集与你最感兴趣的序列同源性大于50%的序列,尽可能搜集全。
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