晶体结构解析联合网站教程系列-diamond圆柱体

http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献        晶体结构解析联合网站教程系列      第一期      Diamond 3作图高阶教程‐‐  圆柱体的构造    Crystalsnet 2007 年 11 月于兰州  http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献      序    现在很多高档次的文章里，经常在孔道内插入很多圆柱体或者圆 管，效果非常好，但是通常需要一些昂贵的软件来实现，对于我们这 样的不发达国家来说，很不现实。我们急需研究一下，怎样用我们已 有的软件做出相同或相近的效果来。  今天我们给大家介绍一种插入 圆柱体的方法，介绍之前有几点需要说明：  （1） 我们默认您对 diamond 软件中 insert  atoms，insert  bond等工具用的很熟；  （2） 我们举的例子并不是在实际的孔道内进行的，我们默 认为您已经看过本论坛关于在一个孔道内插入棍状体 的相关帖子，构建方法可以在论坛中查询；  （3） 我们希望大家改进我们的方法，并在论坛上演示您的 方法和经验；  （4） 如 果 您 转 贴 ， 请 注 明 出 自 本 论 坛 ： http://15151.5d6d.com/bbs.php，谢谢。                                                                                                编者  crystalsnet     http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献    先举文献中的一个例子，如下图：    我们的方法共四步：  第一步：构造一个圆柱体，需要先构造出几个假原子，在这里我们构 造在一条直线上的四个点，注意必须是四个或四个以上，例如我们构 造  ：（‐0.2，‐0.2，‐0.2）  ，（‐0.1，‐0.1，‐0.1），（0.1，0.1，0.1）  （0.2，0.2，0.2），在具体的问中，可以通过插入中点的方法都遭 这类点。操作方法如下：    http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献          http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献    第二步：将各个原子用键进行连接，还要调整各个原子和键的半径， 以使得他们完全相等  ，以便构造出均匀的圆柱体。操作如下：      http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献            http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献    我们得到下面的一个棍状图：      第三步：截去两头获得平端，选择两头的其中一个原子，编辑，请注 意我们选择原子的模式为: invisible      http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献        很明显第一个键的键长比原来短了一半，但是我们的效果出来了      http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献    接下来去掉另一端  ,  这样一个圆柱体便得到了。    第四步：修饰及美化        请仔细观察中间的两个原子和两端间的缝合处（黄色框内）不太光 滑，尤其是在使用一些较浅的颜色时，非常难看，一般不用处理，如 果想来处理，可以将那两个原子选择下面的格式：                http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献          http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献    我们处理好了一端，另一端也可同样处理，见下图：    必要的美观：    http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献        如果想使得圆柱体变成圆管，可以采用 bond edit 功能，将键设置成 一定的透明度就可以了，有兴趣的朋友可以试一下！                    http://15151.5d6d.com/晶体论坛为您奉献      致谢    首先感谢论坛所有斑竹和会员的支持，我们的论坛艰难的度过了 一周年，同时又是得到巨大发展的一年，在接下来的岁月里，希望能 和大家一起面对各种各样的麻烦和问题，同时收获来之不易的成功和 喜悦。  我们提倡了很多，但是真正能完成的很少，因为我们毕竟实力有 限，再次示歉意，也希望大家共同扛起中国无机、超分子、晶体学 研究的重任。  我们论坛也会不遗余力、始终如一贯彻我们的宗旨：真正的共享， 广泛的交流。                                                                          晶体论坛管理委员会                                                                                  2007 年冬