完整版lammps初学者in文件中文解析

Lammps初学者in文件中文解析（1）初始化Units:Units命令是用来设定模拟的原子类型。!IUnitsstyle（lammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron）iLJ是硬球模型IReal是真实的原子模型:Metal是金属原子模型Si是硅（半导体）原子模型ICgsIElectron是电子模型Dimension:Dimension命令是用来定义模拟的维度，默认情况为三维。DimensionN（N=2，3）Boundary:Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。Boundaryxyz（x，y，z=p，s，f，m四种类型中的一种或者两种）P是周期性边界条件S是自由边界条件（但是具有收缩性）F是固定边界条件M是具有最小值的自由边界条件（但是具有收缩性）Atom-style:Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。Delete-atoms:Pair-style:「-…—pairlstyG定义了相互作用力场类型，即势函数。-…原子定义1、Read-data/read-restart:Read-data或read-restart为从data或restart文件中读取来定义原子。2、Lattice:ilattice是用来原子类型构建模型晶格结构。TOC\o"1-5"\h\zHYPERLINK\l"bookmark62"\o"CurrentDocument"I;HYPERLINK\l"bookmark68"\o"CurrentDocument"iI|Latticestylescalekeywordvalues...|HYPERLINK\l"bookmark74"\o"CurrentDocument"ii|Style示点阵类型，点阵类型有nonesc、bcc、fee、hep、diamond、sq、ii■sq2、hex、custom。HYPERLINK\l"bookmark76"\o"CurrentDocument"I<1HYPERLINK\l"bookmark14"\o"CurrentDocument"IScale表示构建的点阵类型的单位长度IHYPERLINK\l"bookmark78"\o"CurrentDocument"I:I!iKeyword表示后面可以追加0个或者多个关键字，关键字有origin、orient、、HYPERLINK\l"bookmark16"\o"CurrentDocument"IHYPERLINK\l"bookmark80"\o"CurrentDocument"IJspacingal、a2、a3、basisHYPERLINK\l"bookmark82"\o"CurrentDocument"IIHYPERLINK\l"bookmark18"\o"CurrentDocument"i各关键字意思为：IRegion:Create-box:Create-box命令用于在regionbox命令指定白的区域内创建一个模拟的的盒'子。IICreate_boxNregion-ID>iN为使用该原子类型进行模拟iIaRegion-ID为使用区域的ID使用模拟域Create-atoms:TOC\o"1-5"\h\zHYPERLINK\l"bookmark28"\o"CurrentDocument"|Create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。|tlHYPERLINK\l"bookmark70"\o"CurrentDocument"1I-IIIIIIIICreate_atomstypestyleargskeywordvalues...（3）设定:力场系数Pair-coeff:模拟参数NeighborNeighbor是定义NeighborskinstyleSkin为Style可取bin、nsq、multiNeighbor-modify:Group:Timestep:Timestep是定义模拟的时间步长TimestepdtDt为时间步长（时间单位），默认为1psReset-timestep:Fix]Fix为定义对部分原子或者对系综的操作。■HYPERLINK"http://lammps.sa"http://lammps.sandia.gov/doc/fix.htmlFixIDgroup-IDstyleargsJiIID=指定的操作名称编号（如1、2、3…….）I|Group-ID=制定操作范围的原子（如all）I■Style=B作内容，如何操作!|Args=相关操作内容的相关操作参数Fix-nvt:恒定N（原子数量）、V（体积）、T（温度）对时间积分Fix-npt:恒定N、P、T对时间积分Unfix:Compute/compute-modify:输出选项Thermo:!Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。■jThermoN|每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件Thermo_style:LOG「-―_Thermo_style命令主要是麻说明采样的内容「即输出到屏幕或者-|文件中的内容。(http:〃lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.htm]!i■Thermo_stylestyleargsi_IIStyle=onemulti、custom|Args=特定的参数列表■Oneargs=nonei；Multiargs=noneI]Customargs=listofattributesI1I|Possibleattributes=stepelaosedelaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpuiAtoms、temp、presspe、ke、otatal、enthalpy、:■Evdwl、ecoul、epair、ebondeangleediheckeimp、■iEmol、elong、etail、iIVol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、II■IXy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、Fmax、fnorm、iCelia、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、IIc_ID、c_ID[l]、c_ID[l][J]、I|f_ID、f_ID[I]、f_ID[I][J]、iV_nameDump:Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的DumpIDgroup-IDstyleNfileargsID:自己给这个dump命令定义的一个代号（自定义）group-ID:那些信息需要被输出的原子群（预先定义好group）Style：类型N:每经过多少时间步输出信息File:输出名称Args：相关参数（每个类型不同）Restart:（4）运行Run：Minimize:例一unitsmetal#单位为lammps中的metel类型boundaryppp#周期性边界条件atom_styleatomic#原子模式latticefee3.61#Cu的晶格常数3.61regionboxblock040404#x,y,z各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小create_box1box#将上述区域指定为模拟的盒子ereate_atoms1box#将原子按晶格填满盒子pair_styleeam#选取Cu的EAM势作为模型pair_coeff**Cu_u3.eam#EAM势文件名称run0#运行0步，仅为启动lammps的热力学数据计算variableEequalpe#定义变量E为系统总势能variableNequalatoms#定义变量N为系统总原子数print"thenumberofatoms&systemenergynoware$N$E"#打印信息create_atoms1single2.452.052.05#在该位置插入一个原子min_stylesd#能量最小化模式，sdminimize1.0e-121.0e-1210001000#能量最小化参数，指数越大最小化程度越深print"interstitialintroduced,minimized:$Natoms,energyis$E"fix1allnvt100100100drag0.2#nvt系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100Ktimestep0.005#步长0.005fsrun1000#运行1000步print"nvtperformed,temperatureup:$Natoms,totalenergyis$E"fix1allnvt1000.0001100drag0.2#nvt系综，温度由100K到0.0001Krun1000#运行1000步print"nvtperformed,temperaturedown:$Natoms,totalenergyis$E"compute3allpe/atom#计算每个原子的势能compute4allke/atom#计算每个原子的动能compute5allcoord/atom3.0#计算每个原子的近邻原子数dump1allcustom1dump.atomidxsyszsc_3c_4c_5#将信息写入dump.atommin_stylesdminimize1.0e-121.0e-121000010000#再次能量最小化print"thefinalstate:$Natoms,totalenergyis$E"#打印信息例二boundarypss是周期性，其余是自由边界；期性#边界条件，拉伸方向如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周unitsmetal#单位制定义为metalregion2block29INFINFINFINFINFatom_styleatomicneighbor2.0binneigh_modifydelay1checkyes#creategeometrylatticefcc3.61格常数3.61Aregionboxblock030030330，宽和高是3create_box1boxcreate_atoms1boxmass163.546是63.546#potentialspair_styleeampair_coef**Cu_u3.eam#definegroupsregion1blockINF1INFINFINFINF1的区域groupleft#定义此区域里的原子叫left叫2的区域grouprightregion2定义此区域里的原子叫rightgroupboundaryunionleftrightright=boundary#原子类型自动#截断半径相关的东西#邻近原子列表更新速度#定义晶胞为fcc，晶#定义一个长方体区域叫box，长#创建了这样一个box#在box里创建了一种原子#定义这种原子的质量#定义势函数是EAM#势所需要的参数在此文件里#定义了一个叫region1#定义了一个##定义left+#定义groupmobilesubtractallleftmobile=all-left#设置#initialvelocitiesvelocityleftset0.00.00.0原子初速度为0computepallpressurethermo_tempvariablepressxequalc_p[1]的意思是p里第一个值variablepressyequalc_p[2]的意思是p里第二个值variablepresszequalc_p[3]的意思是p里第三个值#计算应力，计算结果记为p#定义变量pressx=c_p[1],c_p[1]#定义变量pressy=c_p[2],c_p[2]#定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]thermo_stylecustomsteptempetotalpressv_pressxv_pressyv_presszvoldump1allatom1000dump.tensile#输出结果到dump.tensileminimize1.0e-61.0e-610001000#驰豫fix1leftsetforce0.0NULLNULL#固定左边的原子fix2allnpt1.01.01.0aniso0.00.0NULLNULLNULLNULL10.0drag1.0thermo1000#每1000步输出一次结果timestep0.002#时间步长0.002psrun10000#运行10000步unfix2fix3allnvefix4alltemp/rescale1001.01.051.0fix5alldeform1000xerate0.002unitsbox为0.002(1/ps)computesallstress/atom的应力，计算结果记为scomputestreaallreducesumc_s[1]算结果记为streavariablestressaequalc_strea/volstrea/vol,vol是体积computestreballreducesumc_s[2]variablestressbequalc_streb/volcomputestrecallreducesumc_s[3]#设置沿x方向拉伸，应变率#计算每个原子上#将s里第一个值求和，计#定义变量stressa=variablestresscequalc_strec/volthermo_stylecustomsteptempetotalpressv_stressav_stressbv_stresscvolrun300000