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西安交通大学医学生物信息学实验报告

2022-09-18 7页 doc 319KB 11阅读

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天涯明月

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西安交通大学医学生物信息学实验报告研究生《医用生物信息基础》作业――TP53基因与肺癌关系的研究班级:专业:MPH姓名:实验目的:掌握中文文献全文的检索和获得方法。掌握Pubmed数据库文献的检索和交大图书馆英文数据库全文的获得方法。掌握核酸序列搜索的方法。掌握核酸序列相似性分析的方法。掌握蛋白质序列搜索的方法。掌握蛋白质序列分析常用软件的使用方法。掌握用TMpred预测跨膜区序列和方向方法。掌握用PDB预测蛋白质三级结构及功能,用NEBcutter查询其对应的酶切位点的方法。研究背景:肺癌是全世界最常见的癌症,是对人群健康和生命造成威胁最大的恶性...
西安交通大学医学生物信息学实验报告
研究生《医用生物信息基础》作业――TP53基因与肺癌关系的研究班级:专业:MPH姓名:实验目的:掌握中文文献全文的检索和获得方法。掌握Pubmed数据库文献的检索和交大图书馆英文数据库全文的获得方法。掌握核酸序列搜索的方法。掌握核酸序列相似性分析的方法。掌握蛋白质序列搜索的方法。掌握蛋白质序列分析常用软件的使用方法。掌握用TMpred预测跨膜区序列和方向方法。掌握用PDB预测蛋白质三级结构及功能,用NEBcutter查询其对应的酶切位点的方法。研究背景:肺癌是全世界最常见的癌症,是对人群健康和生命造成威胁最大的恶性肿瘤之一。尽管已经研究出许多抗癌药物,但在不增加化疗耐药性的情况下有效治疗肺癌仍然是一个挑战。多数肺癌患者在疾病发现时已失去手术治疗的机会;肺癌细胞倍增时间较短、易转移,且对于放化疗均不敏感,所以,基因治疗显得尤为重要°TP53基因是一种抑癌基因,分为野生型及突变型两种亚型,其中野生型TP53可调节DNA的修复及细胞的凋亡,突变型TP53与肿瘤的形成密切相关。TP53基因又称为BCC7,BMFS5,LFS1,P53,TRP53等。本人选择其为研究对象。实验步骤及结果:1.查找文献。在中国知网(CNKI)中查找中文文献并下载全文:3M4-Daofl-ti+IIWniftn*HUAF:arwi工盘凹anwEi谧di砂占也wh叢皿smirTatw+i1岀划矽砾世映&f«W.Um*很•竜姣ahi:•匾就送■!?皿iMf劝畑聒稿旺丄真附ifi我也斥正虻冊般芸1息电I:佃削肚険萨natai^.XA^,TPSSI■%t»T4«MIwnUaweEMTCGmtSAff.E■■■■■鼻■iM口:@1国「m'.yG+——RfEtm::U0h4MB□.">在PubMed中查找英文文献并下载全文:«T-#KJR平,以盘萍,背霞茁&乳向眼土4t區爭哉"湖比冗向+4H15DJfJM-f3SQ£哩闻曲卧二Si-MDM2Jip53ft^达质粒对菲小细胞肺癌影响的硏完进展H歪:耳总足金圧鼻至帝丄为壷出一壬炉人邮械*和九*金羔电14童乂>4血竝才建史一培斤已紐轉老出許F拉也15和.怛4贰埔加比对时卅廿#睛比F亦或誨亦**名灯.片虽一呼為紀孑裁戟痊总才&犬貞丸圧眄匸畫士十斗伯打曲札备:出希耳电性峠时耳较竝‘囲什甘‘上琦于出忙疔均菲理虫,斤冶打長哥尤囱r]机店JFf#強比校吉此曲疔*EI-炉于空円寸*’St"北酱&月诒M才,苫孑规需亦世用孔厘乩止*址阳占齐Jt有威返左半JE”i-千呪|1、讣如已£iyjk令“讯时才館或响和于玄比林$,尢丰打城月-MI珊1勾(>53*盘达*扯珅*d也想冲憩却*的世競連厅際i£芙鬣呵;丰-J'办电片確:|胡:^IMI2:JLJL4i匚A>^5G珂吨零二・一"■器「HIHSPublicK油erHii^w^njpiJhwA*nSsfl-u^j«nsMKT^n.BihUMd■FWFhmWhriaaara-idhmnliCM*7*!■■■■taukjth"1■'EkHbtaVWri!■liI-al«nuwUww—『』tamiMak^IKvn«CnK5H4llUM2.查找核苷酸和蛋白质序列。登陆NCBI主页,网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov,在左上角“alldatabases"下拉菜单里,选择nucleotide。然后,输入“tp53",点击“Search"开始查找。共找到15条参考mRNA(转录组)序列,15条参考蛋白质序列,1条参考DNA(基因组)序列。MCH:RXflCMimHmT*曰tludMdfl"ruMafcn."fhimdSjTrui'ijtZipk*tSwit?|D*{■ihc-3•-Liri■«■选取参考mRNA序列里的第一条序列,人的TP53的mRNA的序列号及注释信息为:NM_000546.6,Homosapienstumorproteinp53(TP53),transcriptvariant1,mRNA2:htm:HwCvXvti^lNudactSdoAjhW!3CSpKIH5mnaT|i-Ttparikk-SoribeDebLt:■:WI2bl2Dptal£U-i,n^FU•>J塚44MM444WJWM-r-a■KSBW5MIWXylSICLDfeLHUfl1M3UGftfcBNKm^cfHO&gMUM【MEClifLi,^11TWJ2-2CMbpheEft"vi|n託1】打013;“肿Cjfiff*STJ1Ps«&*如,1UKY3Ff^wnajnw^nnB袒lit強£l£be-十弘HrTHiE-rer-SUMIkiM<4^iiHCraa*pcviBVi>S!i^IMJi.ijfekcchitnn>n-bHILRIJKVKHRlMihib-15.1JMKJ.Imi.k4UJJ^UdLEllUHdUTTHTFA制射Btfflh1*昨肝i”R^BL^STKlIiPTtHM.忡耳■屮SK^ICHr«MUMBJiinMa.fc*nw.Om+r!a,trvarl*.■rtdbiqtaBjhrLcwlifu.IjMkJ-iabnhrriB:ktvd'Bwr^LiiimPriBacac:U(J.mi■uraCriarzUndEumIm.Thk.]flrvnr]-liSlSIiiew>vhVtivlidljKiLthW«T.RLE』*牙町鳖S.ltHliJpi>iXlimrAiiLardEtlntmG.l^r^JlaEUli-eicrfi-lwr!M-Cnw:ErCKm-^ufv>氏mgULI4®.ElkUifillCkl'fc'VLw■rt»:labiblLT^lw■zrdoKr'.iMl.yZi^i»FI11SS®:FIrxEE-uh:I,^driciri耳ditu1.ThhficFardTi-dwun&L.Fi:FwarniJ.-■•IfIME3TT.?Findk>¥jsciierei|uiii.iB1JHL3Wb„■MMKtn'liifthrjiWilm■>i^irtii>r^PiH*-I^-.-ir*lF±J=f£rtEli#ra|iSJ:3.CBlLTUi?nT情lFT«>ktGt\ISCUFFj'.^PtfiftnIflr1F±J=f£rtE--FinIT-■■.•rJfJULFLJUF//*xref=CCDS:OCDS11118.1"NC&RiE^ferK^Seo.^neeLOJ53751>rbirrijmHi*iiij>n^Hme.can±ht1KiJIIlLE-Jf-EWiSHl<>lliLjiJliJ.T.电尊社甘*人Rj-p:P.njtijcariidsisiuji■甩血w««niy!'Inn^MTIla3311FL^rF.Sins「SlLdJidHffi、・513;HWd:MJ廿M开品口丫A;djsref=m:191170^□LiinULilETLKlJn匚F.5UIHaiorocaianarNFDETH、vocnaHqidc*upKntcellularturnerantig^rii&53isoforma[Homosapiens]/gene顷口卯匸PHT;E0IFS5;LFSl;P53;TEP尽于/.□□dedby=fJI-N000546.6:141a1324"/rote-'iscrformaisenjcod&lbytiansciiptvariant1Zill11995"Dffllgnwi口祺护M.K例[:如3.使用NCBI网站中的BLAST工具进行序列一致性比对:登陆HYPERLINK"http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/%ef%bc%8c%e9%80%89%e6%8b%a9%e6%a0%b8%e9%85%b8%e5%ba%8f%e5%88%97%e6%af%94%e5%af%b9"http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/,选择核酸序列比对nucleotideBLAST,比对显示如下Alignments比对显示如下匚m-HnlZCl口汕日助卜;G阳叶心sm悴EvaluevHamo^apiemchromosome17™GRCh38.p12PrlmiaryAssemblyS:*qv*nc*R;MU0000173Length;832574J1Num^btr咄iMatchM:10Rouge1-7660421107fi6fl699肓匕出阳人Getfii閑Scare2351bits(1273)E:斗口巴ct[dentibEsGO127B/12e-X4^%)Gap5I/lSBiXO%)StrandHiJs/MiniJStuers1INKSBbjcl76&96MiXJEir129flR」ct76696^0■jjcry13533]jet76695BJOjcry'-I电Jet766y52d1473Bbjct彩関4&3CXJen.'15SSb」吩76B940Qgery169376693-30crcicn?:2GOT£CCTCAiijro:miftc(?57CAGrCTimcco^AT£miftCPriIIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIlllllllllllllllllllllllIII(TC-CTM胆CCACCTGMGTCi九站MGIRTCMTCF叔TX1R:1"T舗站MCTQIimCAAGAC^JA^MTTiSftCra.GriCrGACftTrCTKAiTTTCTTGTTCDTCAiTrGftCIIllllllllllllllllllllIIlllllllllllllllllllllllIII7imcAAGA™A^mTr^ftcrzAi}ftcrGACftTrrTDrAi7rrrrTurTr:D^ii!zr&ftcl'l"---IIIl'I:l"IIHGCCTCCC+CCCCCATCTCTCCCTOCCCTGOCMTTTiaGGTnTGMTCTJrGUUCE总?TTQ?詁TNMTCT■找GTa临丽CK1兀帕GMrTONTTMTm&TCiHt閲GCT€IIIIIIIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIHCCTrTD2J.ATJ.Cc:,TCT-:iXTCAi2JlACCAiXCACCACrTCi?A,TTTL:CTTTCTCD2CCJ:eCTCCA'rTGAACAAUTTO^mCATTWT&TTrTGTTGrCCKAGGAGGATWCGACTAGtACllllllllllllllllllllllIlllllllllllllllllllllllllllIII仙7TC;iW::MGTTC>:Xi:TO“CTiKTi;TTnX;rKT“G^GCjli:^TCeitionsinbracketsdenomin:!tEtliEcoreregion.UrJ-7scoresatove5U0armconsi-lered.sietli£ic:=ltlI.Insidetooutsidehelices:0£uijtli1OutEidh!toinEidthili亡总吕:0fijimd使用SignalP预测该蛋白序列有信号肽位点。-.j丄庁12J.COscoreSscoreCTCAAAS.CTTCTAGAGCGACCGTGCAGQaWICAQQTABCTOCT0000?CCOOGaACACTTT-3CGTTGBGQC■070Posidon需WeaEurcPosition囲1?1-L61-L6ValueD_L39HST9D-733ClS3Cutoffsisn^lpeptide?Cl450YESHaieFSegufiticBSP=?YES?Qeavaeesitebatvraenrs.16and17sitC-CAD=0-533IHjiJtaff=Ol4.50N9tizoths=SisnalT,-njo7M宜gnur-lut-s-zript5.使用PDB预测蛋白质三级结构及功能,共匹配到173个结果,第一条如下图所示5XZCGryQ-€Metu口引p^CC-p53和girtgmpl叭EKH:ID33ID斧曲俎2niDviaRHon:EMMH11CJuufKrtni:jHAHXERFPOH□rpjihin>|:Ipfku耳・《i.EKpr»W9«i!»>:<>■«-aftij^rra.--.rrirnrttni^-iMumDfi|ij:hn>@■F>wodFmltCMiBW«W
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