生命科学高性能计算项目案例分析

生命科学高性能计算项目案例目录1.1生命科学领域典型案例 31.1.1国家蛋白质科学中心（上海） 31.1.2中国科学院北京基因组研究所 41.1.3中国农业科学院深圳农业基因组研究所 51.1.4中国医学科学院病原生物学研究所 61.1.5华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 71.1.6计生委科学技术研究所 81.1.7郑州烟草研究院 91.1.8中国科学院微生物所 101.1.9中国科学院动物所 111.1.10中国科学院遗传所 121.1.11中国科学院生态环境研究中心 131.1.12中国科学院昆明植物所 141.1.13清华大学医学院 151.1.14中国科学院生物物理研究所 161.1.15中国海洋大学生命科学院 171.2生命科学领域成功案例列表 18生命科学领域典型案例国家蛋白质科学中心（上海）国家蛋白质科学研究上海设施是国家重大科技基础设施，是国家级蛋白质科学研究平台，项目建成后将提升我国生物技术高科技公司的核心竞争力，为我国打造出一个具有重大国际影响的国家级综合性生命科学研究中心，使蛋白质科学成为创新型国家的重要标志；并带动生命科学的整体发展和医药、农业、工业、环境等方面的生物技术进入国际先进行列。上海设施由中国科学院上海生命科学研究院作为项目法人，在上海市建设以蛋白质结构解析能力为主的蛋白质科学研究设施。本套系统作为蛋白质设施专用数据库平台、高性能计算分析平台和国家蛋白质设施信息化支撑保障平台，承载生命科学院蛋白质研究核心技术系统的数据集中存储、备份和计算工作。整套系统提供CPU双精度浮点运算理论峰值28.9Tflops（万亿次每秒），GPU双精度浮点运算理论峰值8.24Tflops（万亿次每秒），蛋白质科学数据库可提供1000人并行访问，系统可对外提供云计算服务。系统建成后用于构建复杂生物系统的数学模型，并进行高效率蛋白质动力学特性、相互作用预测、分子、复杂生物系统模拟仿真等研究，为上海设施数据库与计算分析提供了强有力的保障。1.1.1中国科学院北京基因组研究所中国科学院北京基因组研究所（以下简称“基因组所”）于2003年11月28日正式批准成立，是国家生命科学基础研究所。基因组所主要研究方向主要集中于“人类重大疾病的个体化基因组学”、“家养动植物基因组学”、“基因组测序和测序技术的研发”、“生物信息和计算生物学”、“系统和合成生物学”等5个优先发展领域，在已有“中科院基因组学与信息重点实验室”的基础上，建设“重大疾病基因组与个体化医疗实验室”、“工业生物资源基因组科学实验室”、“农业资源基因组科学实验室”和“计算生物学研究中心”，建设“大型公共仪器管理部”、“技术研发中心”、“DNA测序平台”、“基因组数据中心”、“生物超算中心”等5个支撑平台。基因组所成立以来，承担了“973”、科技攻关、“863”、自然科学基金和院知识创新等国家和中国科学院的多项重大科研任务，取得了令人瞩目的成就，如参与完成了国际人类基因组单体型图计划；独立完成了中国超级杂交水稻基因组计划、家蚕基因组计划及家鸡基因多态性图谱等一系列重大科学项目；率先在国内完成SARS病毒的基因组测序及诊断试剂研制；几年来在国内外高水平学术期刊上共发表SCI论文近五百篇。基因组所高性能集群主要为测序部门做好测试数据传输、质量控制、数据分发、数据备份、构建基因组所的各类生物信息数据处理流程等提供基本数据分析服务。2013年公司为计算平台增加了万兆上联的双路AMD刀片服务器，增强了平台的计算处理能力。中国农业科学院深圳农业基因组研究所中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称“基因组所”），由中国农业科学院和深圳市政府合作共建，于2014年1月正式成立，是专门从事农业基因组学基础和应用研究的中央公益性研究所。基因组所主要从事农业基因组学、农业分子育种、农业和食品宏基因组等内容，着眼粮食安全、食品安全、生物安全等领域。基因组所面向国家重大战略需求和国际农业基因组学研究前沿，以“农业生物组学”、“系统生物学和合成生物学”、“全基因组设计育种”和“农业宏基因组研究与利用”等4个领域为研究重点，设置了“农业动植物基因组学”等研究方向。现阶段准备优先开展农业植物基因组学、农业动物基因组学等8个方向的研究工作。基因测序产生大量数据进行处理，需要大规模的高性能计算集群。公司根据用户的应用需求，提供了氟冷机柜和集群设备一体化的解决。计算系统配置了60台两路刀片，2台八路大内存服务器以及792TB的并行存储作为数据处理存储的主要设备。机柜采用氟冷封闭机柜，空调采用行间空调，机柜内部集成冷热风通道。基础设施和集群系统提供监控平台，方便系统日常管理和维护，保证了集群的易管理、易维护。中国医学科学院病原生物学研究所中国医学科学院／北京协和医学院病原生物学研究所（以下简称“病原所”）是国家为应对传染病对人类健康的重大挑战、重点加强传染病领域的研究力量，对国家传染病防治研究体系的整体布局进行调整后新组建的唯一一个专门系统从事传染病基础、应用基础和应用性研究的国家级科研单位。病原所于2004年2月10日开始筹建，2006年5月8日正式成立。国家核定病原所的编制为290人，成为国家科技体制改革后卫生部直属科研院所中编制人数最多、规模最大的公益性非营利性科研机构。在对病毒的研究中，获得病毒的基因序列，对病毒的基因进行同源性分析，对于人类抵抗传染病，癌症有着非常重要的意义，而要完成这些科研工作，高性能计算机必不可少，主要体现在如下两方面：一，病原所配置了一台高端Illumina测序仪，用于测量病毒分子的序列，而在测序过程中，高性能计算机对测序后的原始数据进行图像处理、校正和序列筛选等过程，从而最终获得完整的序列。二，在获得病毒序列后，对序列进行同源性分析，从而确定整个序列中的保守的子序列，找出关键点位。序列搜寻比对软件数目众多，其中，由NCBI开发的BLAST是现在应用最广泛的序列比对软件，用于基因序列的搜寻。BLAST即为TheBasicLocalAlignmentSearchToolfinds（基本局部序列比对搜寻工具）的缩写。MPIBLAST为BLAST的MPI并行实现，能够实现多节点跨接点并行。公司为病原所配置有双路刀片节点和八路SMP胖节点，整体峰值性能达到3万亿次，配置配置64TB磁盘阵列存储，配置并行文件系统，实现4个4Gb/s的光纤通道的并发读写和实现了多分区的统一管理。大大提升了文件系统的读写速度和可管理性。2014年公司为病原所集群提供了扩容方案，配置了50片两路计算刀片，Parastor200并行存储系统，计算存储网络采用56GbFDRInfiniband高速网络。同时，机房改造采用绿色节能的行间空调、密闭机柜方案。1.1.2华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室作物遗传改良国家重点实验室依托于华中农业大学，1992年3月由国家批准建设，1994年通过国家验收并正式对外开放，分别于1996年、2001年、2006年、2011年连续4次被评为优秀国家重点实验室。建室以来获得各项奖励70项，其中主持完成国家科技进步一等奖1项、国家自然科学二等奖1项、国家科技进步二等奖5项。实验室围绕农作物遗传改良这一总体目标，以应用基础研究为主，向基础研究和应用研究延伸；瞄准学科前沿，将生物技术与常规技术相结合，分别从作物的群体水平、个体水平、细胞水平、分子水平等不同层次研究作物性状的遗传、生理机理，进行品种改良；为农作物遗传改良提供新理论、新技术、新途径、新材料，为农业生产提供新品种和新方法。研究对象涉及水稻、玉米、油菜、棉花等主要农作物。研究方向及目标包括：（1）功能基因组研究（包括功能基因组平台构建、重要基因鉴定和克隆、重要农艺性状的功能基因组研究）；（2）杂种优势与雄性不育研究；（3）种质资源创新及遗传多样性研究；（4）生物技术与育种研究；（5）作物生理遗传。实验室配备有20万元以上的仪器设备90多台套，建有包括温室、网室、种子贮藏室、抗旱大棚、盆栽场、光照培养室以及标准化科研试验田等成套的农作物遗传改良研究田间基础设施。2014年公司为实验室建设高性能计算平台，供作物遗传改良国家重点实验室进行生物信息学相关的计算分析工作。平台由60个双路刀片，2台大内存节点，1套Parastor200并行存储系统组成。1.1.3计生委科学技术研究所国家人口计生委科学技术研究所主要从事人类生殖、计划生育/生殖健康基础、应用基础和应用研究，为稳定低生育水平、提高出生人口素质，促进人口与计划生育事业发展提供强有力的科学技术支撑。生物体的生、长、病、老、死等一切生命现象都与基因有关，它也是决定人体健康的内在因素，基因组就是一个物种中所有基因的整体组成。人类基因组有两层意义：遗传信息和遗传物质。要揭开生命的奥秘，就需要从整体水平研究基因的存在、基因的结构与功能、基因之间的相互关系。目前基因组学的研究出现了几个重心的转移：一是将已知基因的序列与功能联系在一起的功能基因组学研究；二是从作图为基础的基因分离转向以序列为基础的基因分离；三是从研究疾病的起因转向探索发病机理；四是从疾病诊断转向疾病易感性研究。在后基因组时代，如果在已完成基因组测序的物种之间进行整体的比较、分析，希望在整个基因组的规模上了解基因组和蛋白质组的功能意义，包括基因组的表达与调控、基因组的多样化和进化规律以及基因及其产物在生物体生长、发育、分化、行为、老化和治病过程中的作用都必须依赖超级计算机的超级计算能力。对于基因的比较分析等处理软件大部分为多线程程序，对内存的需求非常大，公司为其配备了大内存的四路机架式服务器，满足应用程序需求。郑州烟草研究院郑州烟草研究院是国家烟草专卖局（中国烟草总公司）直属唯一的综合性烟草科研机构，现有烟草农业、烟草工艺、烟草化学、烟草香精香料等四个研究领域，设有国家烟草质量监督检验中心、中国烟草科技信息中心、中国烟草标准化研究中心等行业中心，具有国内一流的科研设备和较好的科研环境；汇集了与烟草科研相关的各方面的专业技术人才，科研技术力量雄厚，拥有各类专业技术人员200余人，其中：中国工程院院士1人、研究员20人、国家级有突出贡献专家1人、享受政府特殊津贴6人。国家烟草专卖局在《烟草行业中长期科技发展规划纲要（2006-2020年）》中将烟草基因组计划列为九个重大专项之一。为有效推动烟草基因组计划重大专项的顺利实施，国家烟草专卖局（中国烟草总公司）决定在郑州烟草研究院成立“国家烟草基因研究中心”。“国家烟草基因研究中心”将组织实施烟草基因组计划（包括测序、序列组装和基因注释等），开展烟草基因功能组学（转录组学、蛋白质组学、代谢组学等）研究；负责烟草基因组生物信息（包括基因组序列、基因表达谱、转录组等）储存、管理、分析和应用；开展烟草基因资源（各种文库、离体材料、群体、突变体材料等）制备、保存、评价及其应用技术研究；结合烟草基因组生物信息学研究结果，系统研究烟草重要经济（农艺）性状及其调控基因的功能；开展以基因组理论为基础的重大烟草生物技术创新研究，为全国各烟草育种中心（机构）提供重要理论、技术和遗传素材支撑。公司为基因组研究提供了计算资源方案，配置四路TC3600刀片，大内存节点以及并行存储系统，为郑州烟草研究院提供了硬件支持。中国科学院微生物所中科院微生物所成立于1958年12月3日，由中科院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立，从事微生物学基础和应用研究，是我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构。目前微生物所的科学研究体系由五个研究室组成，微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、工业微生物与生物技术实验室。拥有亚洲最大的48万多份标本的菌物标本馆和国内最大的含4万1千余株菌种的微生物菌种保藏中心，建有微生物菌种与细胞保藏中心、微生物资源信息管理平台、大型仪器中心和生物安全三级实验室等技术支撑平台。从基因的角度对生物物种进行研究，对序列进行同源性及相似性搜寻、比对、序列分析、遗传发育分析等，是目前常用的一种手段。常用软件种类复杂，各种软件在算法上也各有特点，公司根据微生物所的研究需求，配备了包括双路计算节点和四路胖节点的计算系统，同时配备了Clusnap集群容错系统，提供断点续传的功能，保证长时间计算的有效性。中国科学院动物所中国科学院动物研究所是以动物科学基础研究为主的社会公益型国家级科研机构。主要定位在围绕农业、生态、环境和人类健康及其人与自然协调并存等方面的重大需求和科学问题，在珍稀濒危动物保护、有害动物控制、资源动物可持续利用、动物疾病预警与防控、生殖与发育生物学、动物系统学和进化生物学等领域开展基础性、前瞻性、战略性研究。计算与进化生物学研究中心2007年8月23日在北京成立。该中心的成立旨在加强北京地区生物学、数学、统计学和计算学科研人员的合作与交流。该中心起始阶段为跨单位、跨学科的开放性非实体机构，设立在中国科学院动物研究所。目前研究中心邀请了中科院动物研究所、中科院植物研究所、中科院北京基因组研究所、中科院遗传与发育生物学研究所、中科院微生物研究所、中科院数学与系统科学研究院应用数学研究所等机构的14名中国科学家作为中心成员；同时还邀请了英国伦敦大学学院、美国加州大学、美国北卡罗莱那州立大学、美国亚利桑那州立大学、美国杜克大学、瑞士伯尔尼大学、丹麦哥本哈根大学、欧洲生物信息研究所等机构的10位国外专家作为客座教授参与研究中心的合作与交流。公司建立的高性能集群计算系统有双路计算节点和大内存的四路节点，节点间采用高带宽低延时的Infiniband网络进行数据交换，存储系统采用基于lustre的并行文件系统，集群管理采用Gridview集群管理软件，为动物所进行基因序列比对等计算提供了硬件支持。中国科学院遗传所中国科学院遗传与发育生物学研究所(简称：遗传发育所)最早成立于1959年。2001-2003年，由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而成。遗传发育所面向我国农业和人口健康的重大战略需求和生命科学前沿，重点开展基因组结构与调控规律、重大疾病分子机理、品种分子设计、农业生态可持续发展、前沿学科交叉领域的研究，揭示水稻、小麦等基因组表达调控规律、阐明细胞分化的分子机制和建立新的品种设计理论与技术体系，为解决遗传与发育生物学领域重大科学和技术问题做贡献。近年来，研究所在基因组和功能基因组、动植物分子发育以及农作物新品种培育等领域取得了具有重要影响的研究成果，水稻基因组“工作框架图”、1%人类基因组测序、水稻第4染色体精确测序、禾本科植物株型发育分子机理、水稻理想株型形成的分子调控机制等研究工作分别入选世界、中国十大科技突破或进展。DNA测序仪是用于测量DNA(基因)序列的高级试验仪器，用于亲子鉴定、个体识别、基因档案、父系鉴定、母系鉴定、种族鉴定、种属鉴定,以及某些疾病的诊断等等，是生命科学研究中必不可少的仪器设备、获得重要科研进展的重要工具。DNA测序仪价格昂贵，其研究过程分为准备试剂，仪器测序到最后的仪器离线处理，从而获得科学家可以辨识的基因序列，在这个的基础上，科学家可以利用测量获得的序列进行拼接、比对、同源性分析等等。测序仪离线处理等软件大部分为多线程程序，对内存的需求非常大，公司为其配备了大内存的四路机架式服务器，满足应用程序需求。中国科学院生态环境研究中心中国科学院生态环境研究中心始建于1975年，主要研究领域包括环境化学、环境工程学、环境生物学和系统生态学。研究内容涉及到环境化学、环境工程、生态学、生物学、地学等学科的互相渗透；可发挥综合性、多学科优势，研究地区性、全国性以及全球性的重大生态与环境问题。中心在环境化学的若干分支领域的应用基础研究中作出了原始性的成果。在环境工程方面可以解决若干有重大影响的实际环境问题和拥有一批有竞争能力的环境保护高新技术。在系统生态学方面开创了非传统生态学的新理论和新方法学，并实现与高新技术的结合。作为中科院生态环境研究中心战略性的科研服务设施，在2010年为生态环境中心搭建的高性能计算集群主要是为环境化学、环境工程学和系统生态学等研究领域提供高性能计算服务，形成具有自身特色、规模适度、水平较高、性能优异的科学计算环境，实现了高速网络环境下多种计算资源的有效整合与充分共享。生态环境研究中心集群的计算类型按照应用领域划分主要有三类，其中高精度量子化学计算约占30%，分子动力学计算约占50%，此外还有分子对接、高通量药物筛选、定量构效分析约占20%。在系统方案设计上充分考虑了跨领域综合应用的特点，为量化计算、生命科学计算等多种应用配置了均衡且差异化的软硬件环境，取得了理想效果，系统资源得到了充分利用。中国科学院昆明植物所中国科学院昆明植物研究所是中科院系统中生命科学研究方向中一个重要的研究所，该所地处云南省昆明市，得天独后的自然条件培育了丰富的物种，也为昆明植物所的研究创造了优越的条件，依托中科院建立超算分中心的大背景和昆明植物所科研发展的需求，公司为其建成了10万亿次高性能计算平台：平台由双路节点和大内存胖节点组成，配置高带宽、低延时的Infiniband高速网，100T的存储采用并行文件系统。该平台为生命科学综合应用平台，其中最重要的应用为测序仪离线处理，序列拼接，序列比对等应用，由于Illumina测序仪价格昂贵，实验成本高，保证系统的可靠性非常重要，我们对测序仪连接的存储采用单独分区，避免其它系统对它的影响，同事，对与测序相连的IO节点采用双机热备，当一台节点出故障时系统能够自动切换。做为中科院超算西南分中心，该平台还承担着服务于西南地区其它科研院所的任务。2010年8月，中科院昆明植物研究所利用高通量测序技术及建成的高性能超算生物信息学分析平台，历时一年完成了普通野生稻基因组高覆盖的序列测定拼接和组装工作，获得了普通野生稻全基因从头测序的框架图，基因组图谱已达到国际领先的基因组图谱标准。这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划，也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。清华大学医学院清华大学医学院成立于2001年10月25日，当前，世界范围内普遍认识到生命科学和医学是当今世界科学技术领域最活跃、最有希望取得关键性突破的学科之一，清华大学医学院正是基于此而创立的。医学院是清华大学为顺应国家发展需要及世界高等教育和科学技术发展的趋势，为向世界一流大学的目标奋进迈出的极为重要的一步。为了使清华大学在2011年前能跻身于国际一流大学之林，清华大学校领导已明确提出“要争取在信息、纳米及生命科学上有所突破”这一战略目标。由于科研中需要处理的数据量大，需要借助与高性能集群系统才能完成，公司为其配备了双路节点和八路大内存节点，提供整体峰值6.6万亿次每秒，并针对用户的应用程序，公司专门做了应用优化，使其使用效率增加了10%-28%。系统建成后主要为以下两方面应用提供服务：扫描电镜数据处理：扫描电镜是生命科学研究中必不可少的仪器设备，主要通过用极细的电子束在样品表面扫描，获得原始数据(RAWDATA)然后通过软件进行提纯和分析，将产生的二次电子用特制的探测器收集，形成电信号运送到显像管，在荧光屏上显示物体(细胞、组织)表面的立体构像，摄制成照片，获得人类认知范畴之内的信息。其计算软件主要为spider和eman。分子动力学模拟：分子动力学是一套分子模拟方法，该方法在定义原子之间作用势的基础上，依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，从而探索体系的动力学特性和热力学特性，对于揭示生命的本质、研究生命体的活动有着非常重要的意义。主要应用软件有NAMD等。中国科学院生物物理研究所中国科学院生物物理研究所是国家生命科学基础研究所，创建于1958年，其前身是1957年建立的北京实验生物学研究所。生物物理所的目前战略定位：充分发挥多学科交叉的综合优势，在蛋白质科学、脑与认知科学、感染与免疫科学、非编码核酸和蛋白质与多肽药物等学科前沿领域实现基础性、前瞻性、战略性突破，加强生命科学领域关键装备的创新研制，实现关键技术和实验方法的重点突破，构建以生物制药和体外诊断为重点的转化型研究体系，在国家创新体系中发挥源头创新和骨干引领作用。2015年中科为生物物理研究所与国科健康共建高性能计算平台提供了完整的解决方案。集群计算系统配置10台TC4600刀片节点、15台最新I840四路胖节点；集群存储系统采用4套DS800-G25磁盘阵列做为系统的并行存储系统，用于存放用户数据及公共程序和数据，该套系统配备4台磁盘阵列主柜，裸容量达915.125TB；另外集群配以两台登录管理节点和6台IO节点。整套系统采用千兆管理网络用于集群的登录和管理，采用FDRInfiniBand高速计算网作为集群计算和数据通信网络。 集群部署完成之后，迅速投入到研究工作的使用中，正式运行以来，系统使用率长期饱和，而系统表现稳定，故障率几乎为零，为生物物理所科研工作提供了强大的基础支持。也将长期提供售后支持，时刻保证系统正常稳定运行，为科学研究保驾护航。中国海洋大学生命科学院中国海洋大学海洋生命学院始建于1930年5月，是我国最早从事海洋生物学教学与科研的单位之一。有着悠久的历史传统和丰厚的学科底蕴，是海洋大学历史最悠久、特色最突出的学科之一。海洋生物学科是国家重点学科，是海洋学国家一级重点学科的重要组成部分，在学校“211工程”“985工程”建设的重点支持下，学院形成了较为完整的研究机构，设有“海洋生物遗传育种”教育部重点实验室、“联合国教科文组织（UNESCO）中国海洋生物工程中心”，同时拥有山东省海洋生物工程重点实验室和海洋遗传学与种质工程重点实验室等多个重点实验室。在①海洋生物遗传育种、②海洋生态学、③海洋生物发育与进化、④海洋微生物学、⑤海洋生物化学与生物材料、⑥细胞生物学等方面建立了高水平的研究平台，形成了具有显著优势的研究领域。2015年，中科针对学院在遗传、生态、生物材料等应用上的需求，为海洋生命学院提供了高性能计算系统的方案。该方案计算系统采用TC5600-H整机柜刀片平台+I840四路胖节点组合形式；另外配置两台登录管理节点；存储系统采用ParaStor200分布式并行存储，裸容量达216TB；网络系统采用计算数据网络与管理网分离的形式，计算和数据传输网络使用FDRInfiniBand高速网络以提高计算和数据传输的效率，而管理网络使用一般千兆网络。另外，集群使用Gridview综合管理系统HPC版对整个集群机型监控、管理和维护，提供集群的状态监控、告警管理、集群管理、资源管理、作业管理，作业监控统计分析功能、应用管理、性能评测、系统自维护等功能。有理由相信，在高性能计算系统的帮助下，学院的科研水平一定会更上一个台阶。也将一如既往地持续为学院的高性能计算需求提供技术保障和支持。生命科学领域成功案例列表 用户单位 主要应用 主要配置 项目时间 安阳工学院农业信息化科研平台项目 基因 　 2015.6 东北林业大学高性能计算中心 综合 I620-G20，FDR，ParaStor100 2015.8 华中农业大学生物信息高性能集群项目 基因 TC4600，I840-G25，I620-G20，FDR，Parastor200 2015.12 华中农业大学生物信息计算平台 基因测序 　 2015.6 中国科学院生物物理研究所（国科健康和中科院生物物理所共建高性能集群平台） 　生物 TC4600，I840-G25，I620-G20，FDR，DS800-G25，Lustre 2015.9 中国农业科学院生物信息学平台（作科所、生物所、深圳基因所） 　基因 　 2015.7 中科院北京基因组所 　基因 I840-G25，I980-G10，Parastor200 2015.12 北京师范大学生命科学院胖节点计算项目 　基因 I840-G25 2015.11 中国农业科学院生物信息学平台（作科所、生物所、深圳基因所） 　生物信息 　 2015.9 中科院生物物理所蛋白质信息分析并行存储项目 　蛋白质 　 2015.4 中科院海洋所生物测序组项目 　基因测序 　 2015.2 中国海洋大学生命学院计算项目 　生物 TC5600-H，I840-G25，I620-G20，FDR，ParaStor200 2015.5 西工大生态环境学院高性能计算项目 　生态 　 2015.12 陕西师范大学生命科学院高性能集群项目 　生物综合 TC4600，W580-G20，I620-G20，EDR 2015.12 上海交大医学院HPC项目 　 　 2015.3 上海张江转化医学中心硬件采购项目 　 　 2015.3 上海张江转化医学中心硬件采购项目 　 　 2015.4 鸿之微科技（上海）有限公司采购项目 　 　 2015.6 晶能生物技术（上海）有限公司 基因测序 　 2015.2 上海天昊生物科技有限公司高性能扩容 基因测序 　 2015.6 浙江海洋学院高性能计算机平台建设 分子动力学 　 2015.6 病原所高性能集群二期采购 基因测序 　 2015.8 中国医学科学院病原生物学研究所 基因测序 TC4600，FDR，Parastor200，C1000 2014.1 华中农业大学作物遗传改良重点实验室 基因测序 TC3600，QDR，Parastor200 2014.1 中国农业科学院深圳农业基因组研究所 基因测序 TC4600，I980-G10，Parastor200，C1000 2014.8 北京市心肺血管疾病研究所 基因测序 TC3600，parastor200 2014.5 北京基因组研究所 基因测序 TC3600（CB65-G），A840-G10，I640-G15 2013.11 遗传与发育研究所 基因测序 TC3600（CB62-G20），I840r-GP，Parastor200 2013.1 计生委科学技术研究所 基因测序 A840-G20,I640-G15 2013.1 广东医学院 Dock，AutoDock，Amber TC3600 2013.3 国家蛋白质中心（上海） 蛋白质结构，分子动力学 TC4600，A840r-G，Parastor200，DBStor 2013.3 上海交通大学 基因测序 TC3600，DS600 2012.12 兰州大学医学院 Gromacs A840r-G 2012.12 北京师范大学 序列比对 DS600 2012.12 青岛农业大学 NAMD TC4600 2012.11 中科院先进技术研究院 流体，生物 TC2600，A620，A420 2012.11 苏州大学医学部 R，SAS，Matlab I420r-G 2012.1 中科院天津工业生物技术研究所 生命科学 TC3600，Openstor-IB 2012.9 北京师范大学医学院 序列比对 I620r-G10 2012.9 中国科技大学生命学院 电镜后处理 TC3600 2012.8 spider,eman2,xmipp,relion,sparx 中国科学院遗传所 测序相关 I840，DS600 2012.8 西南大学家蚕基因国家重点实验室 基因测序 A950 2012.7 中科院广州生物医药与健康研究院 Amber，Gaussian，AutoDock，MS TC3600 2012.6 北京市心肺血管疾病研究所 Vasp，gaussian Parastor100 2012.6 中科院微生物所 序列比对 TC4600 2012.6 武汉大学药物研究所 Amber TC3600，DS600 2012.6 德州学院 Gromacs I420r-G 2012.4 南方基因 基因测序 I840r-G,OpenStor-IB 2012.3 中国科技大学生命学院 Gromacs TC3600 2012.3 中科院动物所 Blast等 TC4600，DS600-G10 2012.1 苏州大学附属医院血液所 自编程序 I620r-G10，I840-GP 2011.11 中科院计算所 生物综合 TC3600 2011.11 郑州烟草研究院国家烟草基因研究中心 CLC，ABBlast 10片CB85-G，6台A840R-G,DBstor1001套，ParaStor1001套，DS800-F101套 2011.06 华中科技大学公共卫生学院 bfast、bwa、genomemapper A6208套，A8401套 2011.06 华中农业大学 GAUSS A6208套，A8401套 2011.05 天津开发区生物医药研究院 DiscoveryStudio A620r-G*8，DS200 2011.04 天津开发去泰达工程学院 基因测序 EP450*1，DS6312 2011.03 武汉大学生命科学院 amber A8403套，W580I 2011.02 武汉生命之美科技有限公司 amber、mpiblast TC3600四路刀片1套，A6203套 2011.01 中科院上海生命科学院 生物信息学 80台TC3600Intel双路刀片，2台A950胖节点，1台Clusnap 2010.12 中科院烟草研究所 mpiblast 20片TC2600AMD双路刀片 2010.11 中科院北京生命科学研究 生物应用综合平台 40个4路6核刀片 2010.07 中科院新疆生地所 生命科学及环境科学 刀片及胖节点 2010.06 中科院广州生物与健康研究院 DiscoveryStudio、Gromacs、NAMD 6片CB65 2010.11 中科院上海生科院 materialStudio 40台AMD四路刀片，1个clusnap 2010.09 南方基因国家重点实验室 bfast、blast A6205套，8401套 2010.01 超算中心云南植物所 生物应用综合平台 60个四路刀片及2个胖节点 2009.12 清华大学医学院 电镜处理及分子动力学 50个双路刀片服务器及1台胖节点 2009.12 清华大学自动化系 测序仪及生物信息学 刀片服务器 2009.12 中科院遗传与发育研究所 测序仪应用 机架服务器 2009.1 中国药科大学 药物筛选及分子动力学 刀片服务器 2009.1 上海生科院糖尿病中心 测序及生物信息学 胖节点、存储、刀片服务器 2009.11 上海植生所项目 测序及生物信息学 胖节点、存储、刀片服务器 2009.11 中科院国家基因研究中心 测序仪及生物信息学 存储及刀片服务器 2009.1 北京生命科学院黄牛集群 分子动力学 存储服务器 2009.11 上海康成生物工程有限公司基因测序... 测序仪 胖节点、存储 2009.1 中国医学科学院病原生物学研究所 基因序列比对 40个刀片，1台八路胖节点，4个磁盘阵列 2009.06 天津国际生物医药联合研究院 分子动力学及药物设计 30个刀片，2台八路胖节点 2009.06 上海生科院神经所 神经研究 10个四路刀片，1台八路胖节点 2009.06 天津大学 分子动力学模拟软件Gromacs 10个四路刀片 2009.06 苏州大学 基因序列比对 高性能PHPC机群一套 2009.05 青岛生物能源所 生物能源 40个双路AMD刀片服务器，2台八路胖节点,8台双路AMD机架服务器 2009.01 中科院植物研究所 Gaussian、NAMD 6*TC260，2*A950，DS6312FE/IB 2009.01 中国药科大学 药物设计 高性能PHPC机群一套 2008.12 中科院生物物理所 生物物理 40个双路AMD刀片服务器 2008.09 上海生科院刀片集群 基因序列比对 19个双路AMD刀片服务器 2008.07 中科院昆明植物所 植物进化 50个刀片服务器 2008.06 中科院上海药物所 药物设计 10个双路机架服务器。采用Intel2.33GHz四核心处理器。 2008.04 中科院昆明动物所 动物脑神经模拟计算 30台双路AMD机架服务器 2008.04 北京大学深圳研究生院 分子动力学模拟软件Gromacs 3个8路胖节点 2007.11 华大基因中心 生物领域的众多应用和研究，如人类基因测序等 双路AMD刀片服务器 2007.01 浙江大学--生命科学院 生物计算软件，基因序列比对Blast，Gromacs等 12个双路双核计算节点I610r-FY，24个IntelXeon5160处理器，1个管理节点；千兆以太网 2007.08 中科院植物所 生物信息学领域的应用：包括Blast，Fasta，Emboss，Gromacs等 20个双路双核计算节点I610r-F，40个Woodcrest双核处理器；1个IO节点，1个管理节点;Infiniband网络； 2007.04 天津大学化学系生物实验室 生物分子模拟软件：Gromacs，NAMD等 16个双路双核计算节点A620r-F，32个Opteron双核处理器；1个管理节点；Infiniband网络 2007.04 中科院武汉病毒研究所 生物信息学应用：包括Blast，Fasta，Emboss等 16个双路双核AMD计算节点A620r-F，32个Opteron双核处理器； 2007.03 德州学院生物信息实验室 生物分子模拟软件：Gromacs，NAMD等 50个双路双核计算节点I620r-E，100个Dempsey双核处理器；千兆以太网 2007.0122