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各个工种的进场顺序和施工工序

2021-02-22 1页 doc 235KB 21阅读

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各个工种的进场顺序和施工工序VASP单机操作流程(以Ni111表面为例) 1, 将生成的POSCAR文件和VASP自带的相关元素的赝势文件POTCAR导入或者是复制到工作目录。 打开终端,编辑K点文件KPOINTS(在此使用自动生成的方法)。 Cat >KPOINTSA >0 >7 7 1 >0 0 0 >! 保存退出。 二,优化截断能: 优化过程的脚本为: #!/bash/sh for i in ...
各个工种的进场顺序和施工工序
VASP单机操作(以Ni111面为例) 1, 将生成的POSCAR文件和VASP自带的相关元素的赝势文件POTCAR导入或者是复制到工作。 打开终端,编辑K点文件KPOINTS(在此使用自动生成的方法)。 Cat >KPOINTS<A >0 >7 7 1 >0 0 0 >! 保存退出。 二,优化截断能: 优化过程的脚本为: #!/bash/sh for i in 200 250 300 350 400 450 500 550 600 do cat >INCAR<>Etot.dat done 保存退出。 输入命令:sh EN.sh 点击Enter键运行VASP。进行截断能的优化。 (进行并行VASP运算前要先输入命令:mpd &; VASP的并行命令为:mpirun –np 2 vaspmpi ) 使用命令:cat Etot.dat 来显示计算结果。 例如: 200 -35.941564 250 -36.653335 300 -36.667632 350 -36.627027 400 -36.617354 450 -36.611490 500 -36.614625 550 -36.619412 600 -36.616586 根据要求,我选择400eV的截断能。 3, 优化K点: 复制EN.sh ,只是为了方便使用它的格式。 Cp EN.sh KY.sh(自定义文件名) 优化过程的脚本为: #!/bash/sh for i in 5 7 9 11 13 15 17 19 do cat >KPOINTS<>Etot.dat done 保存退出。 输入命令:sh KY.sh 点击Enter键运行vasp进行K点的优化。 计算完成后,输入命令:cat Etot.dat 查看结果。如同截断能的优化一样,根据要求选择合适的K点。(在此我选择17) 4, 优化晶格常数: 在优化晶格常数时,是对比例系数的优化,不能使用绝对值。一般在试验值的左右各取一些值,根据要求选择最合适的晶格常数。计算过程和上两步类似。 Cp En . sh POS . sh (为方便使用格式) 计算用脚本程序为: #!/bash/sh for i in 0.92 0.94 0.96 0.98 1.00 1.02 1.04 1.06 1.08 1.10 do c=`echo "scale=6;12.821/$i"|bc` cat >POSCAR<>Etot.dat done 保存退出。 输入命令:sh POS . sh 点击Enter键运行VASP,进行晶格常数的优化。 根据计算结果,选择对应能量值最低的晶格常数即可。用计算所得的晶格常数代替原有POSCAR文件中的晶格常数。 五,迟豫计算(relax): 编辑INCAR文件(在原有基础上加上离子步) 输入命令:vi INCAR进入编辑模式 SYSTEM=Ni(111) ENCUT=400 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=A NELM=100 EDIFF=1E-4 NGX=18 NGY=18 NGZ=162 NSW=100 IBRION=1 ISIF=2 EDIFFG=-0.02 (保存退出) 编辑KPOINTS文件(采用优化后的K点) 输入命令:vi KPOINTS进入编辑模式 A 0 G 17 17 1 0.0 0.0 0.0 (保存退出) 编辑POSCAR文件(采用优化后的晶格常数) 将CONTACAR文件的内容复制到POSCAR文件中,原因是CONTCAR文件中包含有结构优化的信息。 输入命令:cp CONTCAR POSCAR 另外根据需要固定几个原子层 Ni(111) 1.00000000000000 1.7619999647140503 -1.7619999647140503 0.0000000000000000 0.0000000000000000 1.7619999647140503 -1.7619999647140503 12.8215026855468750 12.8215026855468750 11.6554540000000006 Ni 7 Selective dynamics Direct 0.0000000000000007 -0.0000000000000003 -0.0000000000000001 T T T 0.0000000000000002 -0.0000000000000002 0.2748507787801908 T T T -0.0000000000000002 0.0000000000000001 0.5497015575603815 T T T 0.6666666666666666 0.3333333333333328 0.1832338525201271 F F F 0.6666666666666664 0.3333333333333331 0.4580846313003180 T T T 0.3333333333333339 0.6666666666666666 0.0916169262600635 F F F 0.3333333333333333 0.6666666666666666 0.3664677050402544 T T T (其它内容省略) (保存退出) 建立relax文件夹:mkdir relax 将CHG CHGCAR WAVECAR INCAR POSCAR KPOINTS POTCAR复制到该文件夹: Cp CHG CHGCAR WAVECAR INCAR POSCAR KPOINTS POTCAR relax 则在relax文件夹下运行命令; Mpirun -np 2 vaspmpi 进行迟豫计算 6, 静态自洽计算(scf): 建立文件夹scf: 输入命令:Mkdir scf 将POTCAR KPOINTS INCAR拷贝到scf文件夹中。 将CONTCAR改为POSCAR 在scf文件夹下对相关文件进行编辑。 编辑INCAR文件,去掉迟豫计算的参数设置(也就是关闭离子步)。另外还要控制输出电荷密度和波函数。 输入命令:vi INCAR SYSTEM=Ni(111) ENCUT=400 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=A NELM=100 EDIFF=1E-6(提高精度) NGX=18 NGY=18 NGZ=162 LCHARG=.T.(输出电荷密度) LWAVE=.T.(输出波函数) LVTOT=.T. (保存退出) 在scf文件夹下输入命令:mpirun -np 2 vaspmpi进行迟豫计算。 7, 态密度计算(dos): 建立dos文件夹,输入命令:mkdir dos 将KPOINTS INCAR POSCAR POTCAR CHG CHGCAR WAVECAR复制到dos文件夹中, 输入命令:cp KPOINTS INCAR POSCAR POTCAR CHG CHGCAR WAVECAR dos (INCAR是迟豫计算后的文件,POSCAR是晶格常数优化计算后的文件,KPOINTS是K点优化计算后的文件) 编辑INCAR文件,输入命令:vi INCAR 修改以下两个参数: ISTART=1 IVHARG=11 增加以下两个参数: LROBIT=11 NPARA=1(控制并行计算) 在进行态密度计算时,K点可以不用改变。 在dos文件夹下,输入命令:mpirun -np 2 vaspmpi运行vasp进行态密度的计算。 8, 能带计算(bands): 建立bands文件夹,输入命令:mkdir bands 将KPOINTS INCAR POSCAR POTCAR CHG CHGCAR WAVECAR复制到bands文件夹中, 输入命令:cp KPOINTS INCAR POSCAR POTCAR CHG CHGCAR WAVECAR bands (INCAR是迟豫计算后的文件,POSCAR是晶格常数优化计算后的文件) 编辑INCAR文件,输入命令:vi INCAR 将dos计算中的 LROBIT=11 NPARA=1 两项关闭或者是删除 编辑KPOINTS文件(在计算能带时常使用line—mode模式) 输入命令:vi KPOINTS 例如: A 20 L rec 0.0 0.0 0.0 G 0.5 0.0 0.0 X 0.5 0.0 0.0X 0.3333 0.3333 0.0W 0.3333 0.3333 0.0W 0.0 0.0 0.0G (存退出) 在bands文件夹下输入命令:mpirun -np 2 vaspmpi 运行vasp进行能带计算。
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