人乳头瘤病毒16阳性与人乳头瘤病毒阴性食管癌的基因表达谱研究（可编辑）

人乳头瘤病毒16阳性与人乳头瘤病毒阴性食管癌的基因表达谱研究（可编辑） 人乳头瘤病毒16阳性与人乳头瘤病毒阴性食管癌的基 因表达谱研究 中华胃肠外科杂志 年 月第 卷第 期, , . , . . 论 著 . 人乳头瘤病毒 阳性与人乳头瘤病毒阴性 食管癌的基因表达谱研究 沈娜 刘英 王其艳 师晓天 路常东 柯杨 【摘要】 目的 探讨人乳头瘤病毒感染在食管癌的发生发展中可能存在的分子机制。 方法 采用的方法检测食管癌患者中的感染状况及型别.筛选出 例 阳性和 例阴性的食管癌组织样本.进行 测序及生物信息。结果阳性患者中共 筛选出 个差异基因.其中 个基因上调。 个基因下调。对差异基因进行功能分类和通路 分析.发现这些差异基因主要涉及肿瘤发生、免疫和炎性反应、细胞生长增殖以及细胞运动等方面, 其中以免疫炎性反应的因子最具代表性 结论 免疫因子的差异可能与食管癌中的感染及作 用存在一定关联。 【关键词】 人乳头瘤病毒 型;食管肿瘤; 基因表达; 测序;免疫炎性因子 ?. , ,, ? ,, ‘. ,,, , ,: , : . . . 【】 一 .. . ., ?., , , . , .【 】; ; ;;多项研究显示.人 乳头瘤病毒 . 。 感染是食管癌发生的危险因素。 与宫颈癌不同的是.并非所有的食管癌都与的 感染有关。迄今.在食管癌的发生发展中所扮 : ./. . ? . . . 基金项目:北京市自然科学基金重大项目 :国家自 演的角色.仍不十分明确 河南省安阳地区是世界食 然科学基金. 管癌死亡率最高的地区之一.本研究选取当地食管 作者单位: 北京大学临床肿瘤学院 北京肿瘤医院 癌患者.通过研究感染与非感染的食管 暨北京市肿瘤防治研究所 恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部 癌样本间基因表达的差异情况.寻找出现表达异常 重点实验室 沈娜、刘英、王其艳、柯杨 :河南省安阳市肿瘤医院胸 的相关因子及其通路.为探讨感染在食管癌的 二科 师晓天、路常东 通信作者:柯杨,: . . 发生发展中可能存在的分子机制提供依据中华胃肠外科杂志 年 月第 卷第 期 四、信息分析及统计学方法 资料与方法 参照 等的数字化基因表达谱差异基 一 、 检测及样本信息 因检测方法,来筛选两样本间的差异表达基因.并 收集河南省安阳市肿瘤医院 年间食管癌 对差异检验的 值作多重假设检验校正.通过控 手术切除的新鲜癌组织,制备。采用方法先 制假阳性发现率 ,来决定 检测组织中的 存在状况.再对 值的域值。在我们的分析中.差异表达基因定义 阳性的样本采取特异性引物或 克隆测序的方 为? . 且倍数差异在 倍及以上的基因 法进行型别检测. 根据 检测结 得到差异基因列表后.再利用数据 果.结合临床资料选取其中 例 阳性和 库 ://. ./ 、 数据库 例 阴性共 例食管鳞癌样本用于后续实://. . // ,找出与整个基因组 验,其中男 例,女 例,年龄 ~中位 岁; 背景相比.在差异表达基因中显著性富集的分子通 分期:? 期 例,? 期 例,?期 例:术 路。采用 . 等工具.应用生物信息学的方 前均未行放、化疗。 法对数据进行分析 二、测序耗材及主要仪器 结 果 主要试剂耗材为 和 测序芯片.主要仪器是 例 感染的食管癌混合的“阳性 和 样本”与 例阴性的食管癌混合的“阴性 系统均购自美国 公司 。 样本”比较。共筛选出 个差异基因.其中 个 三、实验方法 基因上调. 个基因下调.主要包括原癌基因和抑 将 例储存于保护液的食管鳞癌样本 癌基因、细胞周期蛋白类、免疫与炎性反应相关基 组织送至华大基因,进行组织提取、质 因、细胞外基质成分、细胞信号和传递蛋白以及细胞 量检测以及后续的测序分析 为了综合比较 受体等 其中上下调分别排名前 位的差异表达基 阳性的食管癌与阴性的食管癌之间基因表达 因见表 。 的差异.将 例 感染的食管鳞癌样本 对得到的差异基因进行功能分类.按 值从小 混在一起作为 个复合阳性样本. 例阴性 到大进行排序.根据类别分别列出排名前 位的条 的食管鳞癌样本混在一起作为 个复合阴性 目。见表 。对差异基因进行经典通路分析显示。富 集的经典通路为移植物抗宿主免疫通路和 型糖 样本.分别进行测序分析。 .提取及质量检测:取组织各 左 尿病通路见表 结合功能分类信息提示. 右.用 提取.用感染的食管癌与非感染的食管癌相比.免疫进行预定量。根据定量数据,稀释样品、变性 炎性因子与相关通路的差异最为明显 后进行后续实验。使用 分光光度计、琼 讨 论 脂糖凝胶电泳和 进行 质量检 测.显示 例样本完整度值 均在 . 人类白细胞抗原. 以上。 即人类主要组织相容性复合体.样品纯化及 测序:提取 总, , ,主要功能是处理 然后利用 磁珠吸附纯化 ,并以 与加工蛋白质抗原.参与并调节机体的免疫应答 引导反转录合成双链。使用等 多项流行病学研究和功能性实验表明,多 态性及异常表达与感染致癌密切相关.且 和两种内切酶获得两端连有不同的接头序列 的 标签库 。再经过 个循环的线可能通过使. 和?类分子异常表达,干 扰并阻碍其对病毒抗原和癌抗原的递呈、识别以及 性扩增后.通过%胶电泳纯化 碱基 杀伤作用.从而使 和细胞的免疫监 条带.使用 测序芯片,采用边合成边测序法 视功能发生障碍.造成 持续感染,肿瘤细胞发, 进行测序。每个通道将 生逃逸等研究发现,在宫颈癌细胞中 产生数百万条原始 , 的测序读长为 。中华胃肠外科杂志 年 月第 卷第 期 , . , . 表 上下调排名前 位的差异表达基因 注: 表示 阳性样本与阴性样本化后的表达量之比.再取以 为底的对数值 表 差异基因的功能分类 表 差异基因中富集的经典通路? 呈低表达。 等发现,超过 %的 基因异常的宫颈癌患者都存在 感染.且用 的方法在的突变位点检测到 。 等在对新疆哈萨克族食管 癌患者的研究中发现. . 在 % / 的食 管癌患者组织中表达下调或缺失.且其表达异常与感染密切相关。本研究中, ? 、 ?. 、 .、? 和 等在 感染的食管癌中表达明显降低.这与以往