MaterialStudio v4.3安装手册 v1.0

一、背景介绍 Materials Studio 是一个采用服务器/客户机模式的软件环境,它为你的PC 机带来世界最先进的材料模拟和建模技术。 Materials Studio 使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构,使用极好的制图能力来显示结果。与其它PC 软件整合的工具使得容易共享这些数据。 Materials Studio的服务器/客户机结构使得你的Windows NT/2000/XP,Linux和UNIX 服务器可以运行复杂的计算,并把结果直接返回你的桌面。 Materials Studio 采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。 Accelry’s的多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体容易使用的建模环境。卓越的建立结构和可视化能力和分析、显示科学数据的工具支持了这些技术。 无论是使用高级的运算方法,还是简单地利用Materials Studio 增强你的或演讲,你都可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算软件系统。 二、软件版本 目前最新版本为4.4,本文档以4.3+sp1为例进行介绍。 三、软件的安装设置 1、安装HPMPI 可以用安装光盘中的hpmpi,或者其他途径获得的更新版的hpmpi,安装采用rpm方式. rpm –ivh hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm 配置环境变量: cat ~/.bashrc ######HPMPI########## export MPI_CC=icc export MPI_F77=ifort export MPI_F90=ifort export MPI_CXX=icpc MPI_ROOT=/opt/hpmpi PATH=${MPI_ROOT}/bin:$PATH MANPATH=${MPI_ROOT}/share/man:$MANPATH LD_LIBRARY_PATH=${MPI_ROOT}/lib/linux_amd64:$LD_LIBRARY_PATH export LM_LICENSE_FILE=${MPI_ROOT}/licenses/license.dat:$LM_LICENSE_FILE export PATH MANPATH LD_LIBRARY_PATH export MPI_REMSH=/usr/bin/ssh # 2、Linux服务器版本安装 目前MS有Linux版和Windows版两种,集群上推荐使用Linux版,但是很多用户习惯于在Windows平台下用Gateway的方式提交计算任务,因此,下面还会介绍Windows版的安装。首先获得安装需要的光盘或者镜像文件(MS43 U.nrg),以及版本相对应License文件(msi.lic)。将镜像文件挂载 mount MS43 U.nrg /media/ -o loop cd /media 用普通帐户安装 ./Install –t cluster 按照缺省安装至结束,切换到root账号进行配置: 使gateway自启动: cp /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d cd /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/ /sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888 复制你的license文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses (目录要与安装License管理软件的目录相一致) 3、Windows服务器版本安装 安装过程略 安装完成后,把msi.lic或msilic.lic拷贝到安装目录的子目录.\LicensePack\Licenses中 4、Linux环境下配置环境变量 cat ~/.bashrc # .bashrc # User specific aliases and functions # Parallel Environment Setting for Materials Studio 4.3 export MS_INSTALL_ROOT=~/Accelrys/MaterialsStudio43/ export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=~/scratch export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Accelrys/LicensePack/linux/lib/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib export TMPDIR=$DMOL_TMP export PATH=$PATH:~/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/CASTEP/bin/:~/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/D Mol3/bin/ . ~/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile eval `~/Accelrys/MaterialsStudio43/share/license/data/lic_setup.sh ~/Accelrys/MaterialsStudio43/ -s sh` #/public1/soft/MSI/Accelrys/MaterialsStudio43/ -s sh` 5、作业调度方式提交任务 准备算例文件,一般来说包括XX.cell XX.param XX.recpot 几个文件,如果还有其他的参数设置还会有.geom等。 准备作业提交脚本: cat msi.pbs #PBS -N model #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -q high project_name=model cd $PBS_O_WORKDIR rm .machine rm APPFILE rm $project_name.castep NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` $MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name" /opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE 6、Gateway方式提交任务 6.1 配置并行参数 6.1.1 设置/home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/share/data/machines.LINUX 每行一个节点名称,如下: node40:8 node41:8 node42:8 node43:8 node44:8 node45:8 node47:8 node48:8 node49:8 6.1.2 可用CPU总数设置 修改配置文件 cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd cpucorestotal=72 cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cf g gw_cpucorestotal=72 6.1.3 修改mpi运行参数,支持ib 修改配置文件 cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd mpicommand=/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v -prot -f APPFILE cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cf g gw_mpicommand=/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v -prot -f APPFILE 6.1.4 Web页面 登录安装节点 以root方式 service msgateway_control_18888 start 在浏览器中填入:18888/ 在Gateway Date中可以做相应的修改。 用户控制(用户须输入帐户密码才能提交任务): gwauthentication minimum|password minimum: 不需要输入帐户密码 password: 需要输入帐户密码 gwusers –add ID 添加用户 gwusers –remove ID 删除用户 gwusers –update ID 修改ID的密码 gwusers –list 列出所有用户 传输控制:gwtransport sslon|ssloff 6.2 任务提交 作业提交时指定Run in parallel on 4 of 80 processors,gateway就会在资源池中寻找4个处理器内核,通过hpmpi发起并行作业。 7、 四、注意事项 1、本文命令、代码和超链接采用斜体五号字表示 2、在所以参与计算的节点根目录上增加/scratch/,并设置开放的权限 mkdir /scratch chmod 777 /scratch 3、Segment fault等错误产生或作业无法提交时 vi /etc/security/limits.conf * hard memlock unlimited * soft memlock unlimited * hard stack unlimited * soft stack unlimited * hard as unlimited * soft as unlimited 4、报sharememory错误时 sysctl -w kernel.shmmax=64000000 并修改/etc/sysctl.conf 增加kernel.shmmax=64000000 Materials Studio安装关键步骤 默认分类2010-06-18 14:42:35 阅读992 评论5 字号:大中小订阅 终于被我找到了,自己回答。希望能对大家有用。还我积分,呵呵。 1.把安装文件压缩包materials studio 4.4 for win.rar和ms4.4lic .rar下载到F盘。 2.双击materials studio 4.4 压缩包,双击Autorun.exe,选择complet安装。 3.打开文件夹“license pack ”,双击“lp-setup.exe”安装license server. 4.ms4.4lic .rar解压缩,把ms.lic拷贝到 C:\Program files\Accelrys\LicensePack\Licenses 5.双击ms.lic,如果打不开的话,选择用“记事本”打开。 6.修改记事本打开的ms.lic第一行SERVER this_host ANY 27000中的this_host我的电脑名Robin.修改后为SERVER Robin ANY 27000,保存. 7.开始-程序-accelry license pack 7.6-license administration 单击Install License,选择 C:\Program files\Accelrys\LicensePack\Licenses\ms.lic,点击install安装. 8.在license administration画面,点击license server 下的connection,单击画面底部的Edit,Hostname 里填上我的电脑名Robin.其它不变。 然后运行License Test测试一下,就会发现通过了。运行后发现正常,可以Castep来计算,并有正常结果输出 本文来自CSDN博客,转载请标明出处: 6、[求助]Linux上MS的安装问题 我在RHES4.6上安装MS3.0 但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小为零,没有东西, 同时在share下也没有bin目录,也找不到ms_setuo.sh脚本 请问是什么原因? 相应的出现这样的错误信息: /home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 答:假如你有Materials Studio 3.1的ISO版本以及licene.dat。在linux机器上的用户名为firefox。下面是安装Materials Studio3.1 linux版本的步骤 1、假定把Materials Studio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms目录,切换到root 帐号下,然后用下面的命令如下: mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms 2、文件mount上去后,退出root帐号,回到firefox帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX 目录,运行下面的: ./Install 3、开始按提示安装了 1)、指定你要Materials Studio安装到的目录,比如/home/firefox/MaterialsStudio 2)、下面就是指定你所需要安装的模块了,根据自己的需要选择,当然也可以全部选上 3)、然后指定你License_Pack所在的目录,我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目录中,那么先建 立这样的目录:mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack 接着按提示Enter。开始安装Licens_Pack了。 4)、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses目录中,并改名为msilicense.dat。 5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本 安装好了。下面就是把gateway运行起来。 4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway目录,运行下面的命令: ./msgateway_control_18888 start 提示说Gateway start succeeded - running as process xxxx。后,就启动成功了。 5、在ie的地址栏输入,:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块 基本就安装成功了。(注意之处:不要用root安装它)。