外显子查找方法

外显子查找NCBI一、splign 事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天先介绍着一种，以后有必要再介绍其它的。通过Blast是一种办法，但不够直观，需要判断的条件要多一些，经验也需要多一些。如果条件允许的话，我们可以借助其它一些专门的软件,让事情变得容易。　　今天我们来介绍NCBI的其中一个软件，Splign　　网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign（点击online，在线运行）　　Splign-isautilityforcomputingcDNA-to-GenomicalignmentsbasedonavariationoftheNeedleman-WunschalgorithmcombinedwithBlastforcompartmentdetectionandgreaterperformance.　　Splign-通过mRNA或EST序列与所在的基因组序列比对，用于单个基因结构图（外显子内含子）显示,用户每次只能提交一个基因序列。　　1，在Gene数据库，填入基因名HNF-4，我一般的话习惯叫Symbol，每个基因都有个Symbol，即基因名。　　2，我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化，当然，以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID，无论Symbol如何改变，GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面，我们将看到HNF4基因的结构图，从图中给出的信息可以看出，HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区，显示在5'端有一小段序列和3'端有一大段序列是UTR。　　3，在HNF-4基因的RefSeq区域，我们将可以看到这个基因的参考序列，有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。　　4，接下来我们进入Splign的online界面（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/splign.cgi?textpage=online&level=form），你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比，要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，一般常用的生物都在。　　5，结果一目了然，10个外显子，而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列，并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。进入主页点击下面的背景色字体进入点击ALL往下找到Splign点击Splign,进入点击online