Gaussview软件使用标准手册

精品文档精品文档PAGEPAGE8精品文档PAGEGaussview软件使用手册GaussView是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来查验高斯软件达成并输出的结果的图形化的用户界面。GaussView是不在高斯软件的计算模块中，而是从前端/后端的模式来辅助高斯软件的运行。GaussView为高斯用户提供了三种主要的便利。首先，经过它先进的可视化工具，GaussView使得用户能够很快的做出大分子的构造图甚至是很大的分子，然后旋转，在这些分子的基础上经过简单的找寻操作来编译和放大。它同样能够载入比如PDB种类的标准的分子构造文档。第二，GaussView使得成立多种形式的高斯计算变得容易。它使得准备为普通工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3转变构造优化方法，CASSCF计算方法，周期边缘状态计算方法（PBC）以及其他的很多前沿方法的复杂的载入更为简单。如果高斯软件被安装在了同一台电脑上的话，用户同样能够使用GaussView来进行工作。最后，GaussView使得用户能够经过多种的图形技巧来查验高斯计算的结果。高斯的计算结果中能够用图形来示的有下列几种：经过优化的分子构造；分子轨道任何估算密度的电子密度表面；静电潜在表面；原子价；与振动频次符合的一般模型；IR,Raman,NMR,VCD以及其他的频谱；8.构造优化，IRC反响途径的后续，能级表面的扫描以及ADMP和BOMD轨道的模拟；整体能量的小部分以及其他来自于相同工作种类的数据；这本书为所有的GaussView构造提供了一个参照。该软件的每一个程序的构造都被详尽记录。将项目按照一般目的分类。在每一个分类中，项目是按照逻辑构造来排列的，开始于最简单的项目，然后是引用最宽泛的项目，最后是更为复杂和不经常使用的项目。为了找出用户感兴趣的特殊信息，能够经过索引来翻开相关主题或许是特殊的对话框。颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下（下面直接中英语）显示了出来。菜单项目经过菜单=>项目的格式显示出来。按钮在索引中显示为“名称按钮”。如下列图（从图1开始）显示了一系列的按钮名称，菜单途径—等价于按钮和键盘的快捷键。在多种GaussView构造的鉴于指导的帮助包含在了网上帮助中。在主帮助窗口中选择指导主题来翻开他们。GaussView指导基础分子创立分子创立的例子和策略下面举例说明怎样利用GaussView来创立分子。创立维生素分子：利用不典型的原子下面是一个使用GaussView创立维生素分子的例子：在View窗口中的File菜单中选择New的选项来创立一个新的文件；2.在Builder窗口中选择好Rings；在ActiveFragmentbutton上面点击。在环碎片中选择苯。返回到View窗口。点击一下演示苯。在Builder窗口中点击Element选项，在氮上点击。点击ActiveFragment，点击氮原子。在View窗口中，点击你想变成氮的碳原子。注意：不要选择杂交原子中的一个，往常选择不典型的原子更为容易。在创立窗口中点击DeleteAtom键。在View窗口上，经过点击该键删除与氮相连的氢。在Builder窗口上点击Rebond按钮，然后点击Clean按钮。注意：往常在消除前应当从头成键。维生素现在已经达成了。创立芳环维生素：在环之间设置角度下面的例子展示了怎样在已存在的文件上创立芳环维生素。在这个例子中，以维生素为基础来创立。1、你能够接着上述例子来做，创立维生素；2、在Builder窗口上点击Rings按钮。保证芳环已经被选中；3、在View窗口上点击氮原子对面碳原子上的氢原子。另一个环就在屏幕上显示了出来；4、在Builder窗口上选择Dihedral按钮。保证MoveGroup被标记；5、选择两环之间的原子，如下所示：更改角度6、移动光标来是的各环所处的平面相互垂直（或许是在文本框中输入90.0）；7、点击Ok按钮；芳环维生素现在达成了。创立五价铁原子：在指定的项目上选择最好的构型下面是创立五价铁原子的一个例子1、翻开一个新的模型。选择铁分子然后选择双锥形的铁的构型：2、选择线形的C-N构型然后将该基团连结在铁原子上。须注意的是我们选择这种构型而不是选择一种基团是因为其是线形的。3、将氮原子变换成氧原子（选择氧元素之后再是自由电子）。C-O现在分子已经达成了。创立初级紫染：悬挂构造下面是一个展示怎样在GaussView1、创创立一个新文件；2、在Builder窗口上选择互联的片段；上面创立一个初级紫染的6，6’-dibromoindigo：5和6元碳环（在左侧中的插图中），然后再窗口上点击来放置一个3、在五元环中，点击合适的氧原子来将其换成氢原子；4、将与氧原子相对的碳原子改变成氮原子；5、将六圆环（在氮原子同一侧的）中的最外层碳原子上的氢原子改成在相同形式的溴原子；6、在Builder窗口上点击Clean按钮。不要从头成键。然后保留文件；7、在View窗口上展示刚才保留的文档；8、旋转和移动另一个环是的两个碳原子近到足够成键，同时使得两构造方向合适；注意：如果只是要两个构造中的一个，在按住Alt键的同时拖动鼠标即可。在展示复杂构造的同时使用此外一个窗口同样也是很有用处的。在View菜单上经过AddView选项来创立。9、将两个成键碳原子上的氢原子删除；10、在Builder窗口上选择Bond来创立一个C=C；11、点击Clean；分子构造达成。取代两种构造：创立二氯化二苯下面的例子给出了一种包含取代构造的分子构造。1、创立一个新的View窗口，然后在上面放置一个苯环。将其中的一个碳原子换成氯原子。重复该过程创立另一个氯代苯环。2、旋转其中的一个环，使得氯原子处于另一换的相反地点。用户能够经过按住Alt键同时按下鼠标左键拖动来达成该过程：3、将环放置使得它们重叠同时碳原子的成键地点正确；4、删除重叠部位的氢原子同时移动键；5、在两个碳原子之间创立一个键，达成分子构造：分子构造达成。ONIOM例子在一个小的缩氨酸链中的ONIOM层上分派原子注意：这个例子是为了更好的说明而不是为了精准1、创立一个包含以下氨基酸的缩氨酸链：Phe-Ala-Gly；选择氨基尾端的Phenylalanine，中心Fragment的Alanine以及有羰基尾端的甘氨酸。2、将所有院子分派在最底层，在Edit菜单上选择AssignLayer，然后点击SelectAll。确定目前层被设定为Low。构造大概如下：点击Apply3、将下列原子分派到中间层：所有在Ala中的原子，在Phe环上的碳原子以及甘氨酸双键上的原子：选择Ala中的中心碳原子。点击ExpandSelection的右端然后增添更多的原子（两到三倍）。增添少量原子往常比增添好多更容易。点击Apply。在下列增添附加的原子（选择然后点击Apply）直到构造正确是十分必要的。根据需要利用中间的鼠标键来给选项增添原子，然后点击Apply来固定构造，根据需要重复操作。下列图中中间层轨道的原子以棍状出现，底层则以线状出现：4、将下列原子分派到高层上：Ala上所有包括与之相连的重原子在内的所有原子。点击Ala中的中间碳原子。将Using场变换成Distance。在Expand选项的右端点击两次。结果如下：点击Apply。然后结果如下：已达成的ONIOM分派的原子点击方才放置到高层的氢原子然后将其移动（放置）至中间层。点击Close。原子层的分派达成。运行一个ＯＮＩＯＭ工作该例子使用了创立的分子，层在创立程序中最终的例子上被定义，然后接着以下步骤来。１、在Calculate菜单中选择Gaussian。２、点击MultilayerONIOMModel。三种选项（High，Medium和Low）出现在了Method系列中，从这些选项中用户能够分别选择作用于不同层原子的方法。３、点击High选项，然后选择RHF/6-31G工作。４、点击Medium选项，然后选择受限制的AM1工作。５、点击Low选项详细说明一种在使用Amberforce地区的原子构造计算方法。６、下列的构造（高斯ONIOM工作的运行例子）显示了在正常运行状态的着三种选项（一个重叠着一个）：这些运行的地区在工作的routesection显示：#ONIOM=（RHF/6-31G：RAM1：Amber）用户现在能够持续填写剩下的文本框，然后工作就能够准备好保留并运行了。创立周期性的构造周期性束缚状态（PBC）指示1——经过乙烯创立一个经过多元炔的聚合体PBC/1D1-1经过点击工具栏的“New”按钮来创立一个新的分子和一个对应的视图窗口。1-2首先双击“R-GroupFragment”的工具箱按钮，然后点击“SelectR-GroupFragment”对话框中的“vinyl”按钮来创立乙烯基（乙烯）（目前的构造）。1-3在视图窗口中的随意空白地点点击来创立一个乙烯分子。1-4点击“Center“工具箱按钮来使得视图窗口以该分子为中心。1-5在住窗口中的“View”菜单中点击“Labels”来翻开该视图窗口的原子标签。1-6在视图窗口中，点击乙烯的原子5来创立一个穿过丁烷基的分子1-7在主窗口的“Edit”菜单中选择“PBC”来显示分子的PBC对话框。1-8在PBC对话框的“Symmetry”选项中，选择“LatticeDimensions”多项选择框中的“1”。1-9在PBC对话框的“Cell”选项中，在确定“Vertex”被选择的情况下按下“Place”按钮，这样就能够在视图窗口中使用鼠标来选择任何原子的细胞起源定点（“0（0）”）。在视图窗口中，点击原子2.1-10在PBC对话框的“Cell”选项上，用鼠标在View窗口中点击选择“a（1）”来代替“0（0）”使得a胞的替代。在View窗口中，点击原子7。1-11在PBC对话框的Cell选型上，在“TrimContents”菜单中选择”DeleteAllAtomsOutsideCell”。1-12在PBC对话框的”Cell”选项上，点击“CenterContents”按钮。1-13这样，我们就为穿越多乙炔的聚合体的PBC/1D模型定义了一个初始合成胞体。1-14在PBC对话框的“View”选型上，使用”CellReplication”的旋转空间来显示两个沿着“a“轴的胞体。特殊情况下，折叠胞体的内容会显示在”底层“中。1-15在PBC对话框的“View“选项上，从”ReplicateContentsFormat”多项选择框中选择”Normal”在同一个表格中显示出折叠胞体的内容。1-16在PBC对话框的“Contents”标签上，在“Bonds”菜单1-17上选择“RebondIntercell”选项来升级毗邻单元原子之间的键。所有的特殊CC键长都比试验数据要大得多。改变