SDSAGE聚丙烯酰胺凝胶电泳详解

SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳SDS-Polyacrylamidegelelectrophoresis,SDS-PAGE一、什么是SDS十二烷基硫酸钠sodiumdodecylsulfate,SDS是一种阴离子去污剂，它在水溶液中以单体monomer和分子团micellae的混合形式存在，SDS的作用破坏蛋白质分子之间以及其他物质分子之间的非共价键,使蛋白质变性而改变原有的构象,保证蛋白质分子与SDS充分结合而形成带负电荷的蛋白质-SDS复合物，二、SDS-PAGE的基本原理一蛋白质分子的解聚样品介质和聚丙烯酰胺中加入离子去污剂和强还原剂后,蛋白质亚基的电泳迁移率主要取决于亚基分子量的大小,而电荷因素可以被忽略，1、SDS阴离子去污剂变性剂助溶性试剂断裂分子内和分子间的氢键分子去折叠破坏蛋白质分子的二级和三级结构2、强还原剂巯基乙醇β-mercaptoethanal二硫苏糖醇dithiothreitol,DTT使半胱氨酸残基之间的二硫键断裂，SDS和还原剂的作用：1分子被解聚或组成它们的多肽键2氨基酸侧链与SDS充分结合形成带负电荷的蛋白质-SDS胶束，3蛋白质-SDS胶束所带的负电荷大大超过了蛋白质分子原有的电荷量,消除了不同分子之间原有的电荷差异，蛋白质-SDS胶束的特点1形状像一个长椭圆棒2短轴对不同的蛋白质亚基-SDS胶束基本上是相同的，3长轴的长度则与亚基分子量的大小成正比，胶束在SDS-PAGE系统中的电泳迁移率不再受蛋白质原有电荷的影响,而主要取决于椭圆棒的长轴长度,即蛋白质或亚基分子量的大小，当蛋白质的分子量在15KD—200KD之间时,电泳迁移率与分子量的对数呈线性关系3、影响SDS电泳的关键因素1溶液中SDS单体浓度>1mmol/L大多数蛋白质与SDS结合的重量比为1：1.42样品缓冲液的离子强度不>0.26低离子强度的溶液中,SDS单体才具有较高的平衡浓度，3二硫键是否完全被还原当二硫键被彻底还原后,蛋白质分子才能被解聚,SDS才能定量地结合到亚基上而给出相对迁移率和分子量对数的线性关系，二缓冲系统的选择一般情况下,在被分析的蛋白质稳定的pH范围,凡不与SDS发生相互作用的缓冲液都可以使用,但缓冲液的选择对蛋白质的分离和电泳的速度是非常关键的，电泳缓冲液的种类：1、磷酸缓冲液2、Tris-醋酸钠缓冲系统3、咪唑缓冲液系统：比磷酸缓冲系统的导电性低,电泳速度要比后者快一倍，4、尿素系统：适用分子量低于15KD的蛋白样品，5、Tris-甘氨酸系统：使用最多的缓冲液6、Tris-硼酸盐缓冲液：测定糖蛋白的分子量三凝胶浓度的选择由于SDS电泳分离并不取决于蛋白质的电荷密度,只取决于分子解聚后SDS-蛋白质胶束的大小,因此凝胶浓度的选择会直接影响分辨率，不同分子量范围的蛋白质应选用不同的凝胶浓度.四分子量测定1、相对迁移率RfRf即用每个带的迁移距离除以溴酚蓝前沿的迁移距离得到的，测量位置应在蛋白带的中央，蛋白带迁移距离Rf=————————溴酚蓝迁移距离蛋白带迁移距离固定前的凝胶长度Rf=—————————X—————————干燥后的凝胶长度溴酚蓝迁移距离2、作图以已知蛋白质分子量的常用对数值为纵坐标,Rf为横坐标绘图3、通过测定未知蛋白质的Rf值,便可在曲线上读出他的分子量三、去污剂的选择无离子去污剂：LubroW；Brij35,TweenTriton阳离子去污剂：cetyltrimethylammoniumbromideCTABcetylpyyridiniumCPC阴离子去污剂：SDSdeoxycholate四、方法1、分类1根据对样品的处理方式的不同还原SDS电泳非还原SDS电泳带有烷基化作用的还原SDS电泳2根据缓冲系统和凝胶孔径的不同连续电泳不连续电泳3根据电泳的形式圆盘电泳垂直电泳平板电泳水平电泳2、操作1制备分离胶2制备积层胶堆积胶分离胶聚合之后3加样品样品的处理在蛋白溶液中加入过量的SDS后,可引起以下的反应：蛋白质本身的电荷被屏蔽氢键断裂疏水相互作用被取消多肽被去折叠二级结构破坏,并形成椭球形①还原SDS处理当加入还原试剂DTT或β-二巯基乙醇后,蛋白质被完全去折叠,只根据分子量分离，②带有烷基化作用的还原SDS处理烷基化作用可以很好地并经久牢固地保护SH基团,而得到窄的电泳带，③非还原的SDS处理许多样品,如生理体液、血清或尿素,一般只需用1%SDS在100℃煮沸3分钟,并不需要加还原剂,此时二硫键不能被断裂,蛋白并没有完全被去折叠，4电泳5固定6染色考马斯亮蓝coomassiebrilliantblue①R-250三苯基甲烷,红蓝色,每个分子含有两个SO3H基团,偏酸性,和氨基黑一样也是结合在蛋白质的碱性基团上，②G-250二甲花青亮蓝,蓝绿色，银染色银染的机制是将蛋白带上的硝酸银银离子还原成金属银,以使银颗粒沉积在蛋白带上，7照相,凝胶干燥8定量测定3、电泳过程中的不正常现象1“微笑”现象指示剂前沿呈现两边向上的曲线形,说明凝胶的不均匀冷却,中间部分冷却不好，2“皱眉”现象由于垂直电泳槽的装置不合适引起的,特别是当凝胶和玻璃板组成的“三明治”底部有气泡或靠近隔片的凝胶聚合不完全，3“拖尾”现象样品溶解不佳引起，4“纹理”现象由于样品中的不溶颗粒引起的，5偏斜现象电极放置不平行引起或加样位置偏斜而引起6带太宽加样量太多或加样孔泄漏引起MolecularmassversusmolecularweightMolecularmasssymbolmisexpressedinDaltonsDa.OneDaltonisdefinedas1/12themassofcarbon12.MostmacromoleculesarelargeenoughtousethekiloDaltonkDatodescribemolecularmass.Molecularweightisnotthesameasmolecularmass.ItisalsoknownasrelativemolecularmasssymbolMr,whererisasubscript.Molecularweightisdefinedastheratioofthemassofamacromoleculeto1/12themassofacarbon12atom.Itisadimensionlessquantity.WhentheliteraturegivesamassinDaorkDaitreferstomolecularmass.ItisincorrecttoexpressmolecularweightrelativemolecularmassinDaltons.NeverthelessyouwillfindthetermmolecularweightusedwithDaltonsorkiloDaltonsinsomeliterature,oftenusingtheabbreviationMWformolecularweight.