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遗传群体偏分离研究进展

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遗传群体偏分离研究进展 植物遗传资源学报2009,10(4):613-617 JournalofPlantGeneticResources 遗传群体偏分离研究进展 刘海燕,崔金腾,高用明 (中国农业科学院作物科学研究所,北京100081) 摘要:偏分离是指观察到的基因型比例偏离预期的孟德尔分离频率方式,无法用传统的遗传理论和方法加以分析。偏分 离被认为是一种重要的进化动力,并对遗传连锁图谱的构建造成影响。本文针对偏分离的现象、偏分离的影响因素和形成原 因,以及对QTL定位的影响等方面进行综合分析,系统阐述了植物分离群体偏分离的研究进展,为...
遗传群体偏分离研究进展
植物遗传资源学报2009,10(4):613-617 JournalofPlantGeneticResources 遗传群体偏分离研究进展 刘海燕,崔金腾,高用明 (中国农业科学院作物科学研究所,北京100081) 摘要:偏分离是指观察到的基因型比例偏离预期的孟德尔分离频率方式,无法用传统的遗传理论和方法加以分析。偏分 离被认为是一种重要的进化动力,并对遗传连锁图谱的构建造成影响。本文针对偏分离的现象、偏分离的影响因素和形成原 因,以及对QTL定位的影响等方面进行综合分析,系统阐述了植物分离群体偏分离的研究进展,为后续研究提供有益的参考。 关键词:偏分离;作图群体;分子标记;偏分离热点区域;遗传搭车 ProgressofSegregationDistortion LIUHai—yan,CUIJin—teng,GAOYong—ming (InstituteofCropSciences,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Beijing100081) Abstract:SegregationdistortionbiasedthegenotypicfrequenciesfromtheirMendelianexpectations,andcould notbeanalyzedbytraditionalgenetictheoriesandmethods.Segregationdistortionisidentifiedasastrongevolution- aryforce,andwouldaffecttheconstructionofgeneticlinkagemap.Inthispaper,thephenomena,influencingfactors andcausesofsegregationdistortion,aswellastheinfluenceofsegregationdistortiononQTLdetection,andthead· vanceofresearchonsegregationdistortioninplantsweresummarized,whichwouldprovideusefulreferenceforthe furtherresearches. Keywords:Segregationdistortion;Mappingpopulation;Molecularmarker;Segregationdistortionregion;Hitch- hiking, 在生物的进化过程中偏分离被视为一种强有力 的进化动力而越来越被重视。科学家们在许多物种 中均发现了偏分离现象,这也包括植物。研究明, 植物中的偏分离可能发生于花粉川以及胚囊。21或 是同时发生于两者中”1。偏分离几乎可在任何种 类的遗传标记中被检测到,包括形态突变标记、同功 酶及DNA标记一。’。 此外,偏分离也是遗传作图研究中的一种普 遍现象。无论是自花授粉或是异花授粉植物,其 作图群体,如F:、BC、DH和RIL群体等,均存在不 同程度的偏分离现象,这对遗传作图将会产生不 可估计的影响。同时,研究也表明在分子标记连 锁图上存在偏分离的热点区域。目前普遍认为这 些偏分离热点区域可能存在与偏分离相关的特定 基因。然而,对于不同作物的不同群体,偏分离的 热点区域是否是共同的,还有待于对更多物种的 不同群体的深入分析。本文对偏分离的现象、影 响因素和形成原因,以及对QTL定位的影响等进 行综合分析,介绍植物分离群体偏分离的研究进 展,为后续研究提供参考。 1 偏分离及其表现类型 1.1 偏分离的发现 偏分离是指观察到的基因型比例偏离预期的孟 德尔分离频率,用传统的遗传理论和方法加以分析 会产生偏差,甚至产生错误"。1引。偏分离可以增加 群体中杂合等位基因或者异型染色体的频率,被认 为是一种重要的进化动力¨“。自1926年Mangels一 收稿日期:2009—02·23 修回日期:2009·09-21 作者简介:刘海燕,在读硕士,主要从事水稻分子育种 通讯作者:高用明,研究员,博士生导师,研究方向为水稻有利基因发掘与分子设计育种。E—mail:irriygao@126.corn 万方数据 614 植物遗传资源学报 10卷 dorf等¨21在玉米研究中首次发现偏分离后,随着 RFLP、RAPD、AFLP、SSR等多种分子标记技术被 广泛的应用于遗传作图研究,偏分离作为遗传作 图研究中的一种普遍现象被广泛关注。目前通过 分子标记,人们在水稻、小麦、大麦、玉米、大豆、高 粱、烟草和白菜等作物中都发现了大量的偏分离 位点‘13讲3。 1.2 偏分离的表现类型 当前研究结果表明,偏分离标记在连锁群上的 分布主要为两种形式:一种是没有规律性,表现为随 机的偏向任何亲本或杂合体;另一种是多数偏分离 位点偏离方向一致,并且偏分离标记在连锁群上成 簇分布,这种成簇偏离可能是显著偏向单亲,也可能 是显著偏向双亲,还可能偏向于杂合体¨4。孓2川。 2 偏分离的原因 2.1 偏分离热点区域 偏分离标记在连锁群上成簇分布而且多数偏分 离方向一致心弘291,这些染色体区段被称为偏分离热 点区域(segregationdistortionregion,SDR)。现在研 究结果认为偏分离热点区域往往是由偏分离位点引 起,根据其作用时间可分为配子选择和合子选择,分 别在受精前和受精后受偏分离位点的控制。受精前 起作用的偏分离位点只能通过影响配子的比例间接 影响合子的基凶型比例;受精后起作用的偏分离位 点则直接对合子的基因型比例起作用,许多情况下 偏分离是由上述两种选择作用所引起130|。目前在 多种作物的不同类型群体上均有大量关于偏分离热 点区域的报道¨7J钆3卜”j,并且多数报道表明偏分离 热点区域与配子体选择关系密切。严建兵等Ⅲ1对 玉米F:群体分子标记偏分离研究表明,同时在9条 不同的染色体上发现了14个偏分离的热点区域,其 中4个与已经定位的配子体基因的位置相近,由此 表明配子体基因是导致偏分离的部分原因(现有报 道玉米中已定位到5个直接影响花粉竞争能力的配 子体基因)。在水稻中已经定位了11个导致偏分 离的配子体基因(ga)和20个杂种不育基因 (S)‘"d引。Zhao等⋯3在日本晴与广陆矮杂交F,群 体中,发现多数偏分离位点存在配子体选择基因 或育性相关基因。彭勇等¨4。利用培矮64s与日本 晴杂交获得F。并通过连续套袋自交获得F。重组自 交系,构建了一张含92个微卫星标记的水稻分子 遗传图谱;并分析了定位到遗传图谱上的92个标 记的偏分离情况,发现9个偏分离热点区域,其中 4个区域发现了3个配子体基因和2个杂种不育 基因,并认为这些区域标记的偏分离可能是由配 子体基因选择和杂种不育基因所致。前人研究结 果中,偏分离热点区域中发生偏分离的标记大多 偏向于父本,并认为偏分离可能是由于雄配子体 选择引起"“,但在彭勇等114o的研究中发现90个 偏分离标记,其中有80个偏向母本培矮64s,占偏 分离标记的88.89%,这在前人研究中鲜有 报道‘伸’3乱3¨。 2.2 偏分离与遗传搭车效应 目前一些研究也表明偏分离与遗传搭车有一定 的关系"。”’。所谓遗传搭车效应(genetichitch—hi- kingeffect)指当群体中发生对选择有利的等位基因 替代时,在选择压力的作用下,与之紧密连锁的位点 上也会发生相应的基因频率变化,使得原先与选择 有利的等位基因紧密连锁的那些等位基因的频率上 升,而与选择不利的等位基因紧密连锁的那些等位 基因的频率下降14“4“。根据这一原理,在生物的进 化过程中,当某一“有利”变异(或等位基因)由于选 择而被保留下来(正向选择),群体中具有此等位基 因个体的比例将会不断增加,从而成为优势变异,并 被固定下来;相应地,携带其他等位基因的个体则会 逐渐减少以至消失,该基因座的遗传多样性因此而 急剧下降。由于连锁关系,该基因两侧一定范围内 的序列(包括中性基因座)也会凶连锁而随着该“有 利”等位基因的固定而被大量保留下来,从而使遗 传过程中配子和合子被选择,导致遗传多样性也大 大降低,最终表现偏态分离MJ。 遗传搭车效应的强弱主要与被选择基因所在基 因组区域的重组率和对之实施的选择压的大小有 关。若该遗传区段的重组率较低,并且所经受的选 择压较高,则产生的遗传搭车效应较强;反之,遗传 搭车效应则较弱。当某区段的重组率为0时,则可 造成该区段DNA序列多态性的完全丧失。但由于 遗传重组的存在,这种情况一般不会发生H“。根据 这个假说,分子标记偏分离程度与影响等位基因频 率的遗传因子连锁有关,这就说明偏分离确实存有 遗传决定因素。 2.3 导致偏分离的其他因素 偏分离与标记类型和群体类型有着紧密的关 系。前人有大量研究结果表明,不同标记类型使群 体产生的偏分离程度不同。Lorieux等"“47o的研究 表明,偏分离位点的选择作用对共显性标记问重组 率估计的影响小于显性标记,表明显性标记更易发 万方数据 4期 刘海燕等:遗传群体偏分离研究进展 615 生偏分离。刘峰等旧川的研究也证明这一点,其采用 4种不同的分子标记对大豆重组自交系群体(F。) 进行偏分离频率的比较,发现4种不同标记所检 测出的偏分离差异较大(表1),特别是RAPD标记 所检测出的偏分离频率比AFLP标记的频率高1 倍,并认为其原因除了与所检测的位点有关外,主 要由于RFLP、SSR、AFLP为共显性标记而RAPD 表1不同类型分子标记的偏分离情况 标记为显性标记。并且有研究表明H乳491在着丝粒 和异染色质附近区域存在AFLP和RAPD标记偏 分离聚集现象。张玉山等【1副利用珍汕97和HR5 衍生的重组自交系(n=190)作为作图群体,采用 SSR标记分析,发现第7染色体的RM481~RMl0 区间(其中也包括着丝粒区域)分布着众多的偏分 离标记。 Table1 Segregationdistortionofdifferenttypesofmolecularmarkers 偏分离与群体类型有着紧密地联系。Xu等"¨ 对6个水稻群体的遗传图谱研究发现,RIL(recom— binantinbredline)群体与其他群体相比,有更高的 偏分离频率(39.4%),DH(doubledhaploid)群体和 BC(backcross)群体的偏分离比例几乎相同(DH, 29.4%;BC,28.6%),而F:群体则较低(19.3%)。 RIL群体偏分离比率高可能是因为RIL的构建经过 多代自然选择和人工抽样,致使偏分离频率加 大”⋯。DH群体中的偏分离可能主要是由于不同基 因型花粉的组培再生能力不同造成的,同时DH群 体中,等位基因高度纯合化导致隐性致死基因大量 表达,造成较高比例的偏分离,当然也可能是由于配 子选择作用导致偏分离”¨。在水稻中,一般粳稻的 花培力要比籼稻强”“,因此在籼粳交的DH群体 中,基因分离偏向粳稻的比例可能会大些;F:群体来 自雌雄两种配子,其重组值反映了两种配子减数分 裂中交换的平均值,代数越高,偏分离比率可能越 大。Lu等¨叫在玉米偏分离研究中比较了LH200/ LH216(F2Syn3)、B73/M017(RI)、M017/H99 (F6:,RI)和Tx303/C0159(F:)4个作图群体的偏分 离频率,认为偏分离频率随着减数分裂代数的增加 而累加,它们之间呈现正相关。 偏分离与作图群体亲缘关系也存在着紧密联 系。多数科研人员在进行群体QTL定位的工作中 为了提高图谱密度,往往采用亲缘关系较远的亲本 构建群体进行遗传作图,然而亲本间亲缘关系越远, 可能导致偏分离越严重。Kianian等”引用甘蓝的3 个种内和1个种问F,群体进行了遗传作图研究,其 中种间F,群体59%的标记表现严重偏分离,3个种 内F:群体平均只有7%标记产生偏分离,认为亲缘 关系远可能导致偏分离更严重。 姚焱¨4o通过对水稻籼粳杂种构建DH群体经 过一定时间的低温预处理以后,明显增强偏分离的 趋势,预冷处理时的胁迫作用加剧了对优势花粉的 选择;说明在植株水平上DH群体的某些基因座位 的偏分离早在愈伤组织诱导阶段已发生,并且可能 贯穿构建DH群体的整个过程。花粉离体培养条件 下某些基因出现偏分离现象,可能有以下原因:一方 面,基因本身的功能与性质所决定;另一方面,环境 因素也会影响偏分离的发生。因此,环境的选择压 力会引起花粉的选择作用”。’“。 另外,在实验技术和构建群体的材料选择上也 可以使研究过程中出现偏分离,例如,进行群体基因 型分析时,标记基因型划分、统计错误会导致系统性 偏分离旧引;作图亲本存在剩余杂合性导致等位基因 型复杂,使连锁关系难以确定¨“,这也是一个重要 的影响因素。 万方数据 616 植物遗传资源学报 10卷 3 偏分离位点及其对QTL定位的影响 3.1偏分离位点 造成偏分离的染色体区段被称作偏分离位点 (segregationdistortionloci,SDL)。如果1个SDL在 一个群体中发生分离,与其连锁的相邻标记就会表 现一定的偏分离。标记离SDL越近(连锁紧密),偏 分离越严重,表现为∥值增大。可以利用石2值与遗 传距离的分布图初步推测SDL的位置”“。如果1 个SDL在多个群体中分离,这些群体就会在相同 的染色体区段(分子标记)上表现偏分离。反之, 可以用这种方法确定SDL的存在,从而标记定 位SDL。 3.2 偏分离位点对QTL定位的影响 构建分子标记连锁图的一个重要目的是进行 QTL定位。偏分离是遗传作图研究中的一种普遍现 象,是影响遗传作图准确性的原因之一,偏分离可以 影响标记间的重组距离,也影响连锁群上标记的顺 序14“4“,进而影响QTL定位。在动物方面,对果蝇 上的偏分离因子和x染色体连锁的减数分裂驱动 (X—linkedmeioticdrive)系统和老鼠的t等位基因(t allele)系统已经有深入的研究”⋯。但偏分离在植 物QTL定位方面研究进展还比较缓慢。目前QTL 定位常用到的分析方法有单标记分析法、区间作图 法、复合区间作图法,它们都是基于单位点标记基因 型与性状的关联程度来确定特定位置是否存在 QTL。Lu等¨叫认为如果偏分离是因为单个基因导 致的,如配子体基因,对QTL定位的位置不会产生 影响。而如果偏分离是因为两个或两个以上的基因 引起的,情况则比较复杂。因此在遗传作图中应重 视偏分离的不利影响,选择正确的作图方法Ⅲ‘6“, 进而提高QTL定位的效率和精度。 近年来提出了多种不同的针对偏分离影响的作 图方法。最简单的克服方法是作图时将偏分离标记 剔除掉。但这样会降低对基因组的覆盖率和漏掉某 些QTL旧o。比较作图一般在来自于同一个组合的 不同类型群体或同一类型的不同群体间进行,是一 个发现作图错误的有效方法。在玉米上,通过比较 作图检测出了松散的连锁和错误连锁¨¨。王永军 等”叫研究了重组自交家系的监测和调整,提出了用 以检测家系、标记的偏分离程度及调整群体结构的 模拟群体抽样标准法(SPSC)。主要原理是通过随 机抽样比较后从原始群体中淘汰一部分家系使调整 后的群体结构能够更准确的构建遗传连锁图谱。 Lorieux等|4“471建立了适合于Bc。和F2群体中 两种选择(配子选择和合子选择)条件下偏分离标 记作图的极大似然模型,并指出选择作用对共显性 标记重组值估汁的影响小于显性标记,因此遗传作 图应尽可能选用共显性标记类型,并开发了适合于 偏分离作图软件MapDisto,可以处理的群体包括 BC,、DH和SSD。但是目前关于偏分离作图软件局 限性较大,不能广泛的应用于如F:、AB群体。随 后,Lashermes等"¨和Kal6等m1在此方面做了进一 步的研究工作,使偏分离群体的QTL定位研究更加 深入。谭军等∞¨对取自MAPMAKER软件小鼠F: 群体的5个RFLP连锁标记数据作了共显性分子标 记偏分离的分析,结果表明,在估计F:群体标记间 偏分离重组距离上用连续×2检测方法比传统x2检 测更为准确。 4 问题与展望 偏分离作为一种普遍的现象在多种植物的研究 中被报道,研究表明偏分离对性别和重组进化、异性 染色体的进化、性别进化、配偶选择和生殖隔离等存 在诸多的影响,进而影响着物种的进化,是进化的强 有力的动力。目前水稻基因测序工作已经完成,绝 大多数植物都开展了遗传作图,随着更多高密度遗 传图谱的建成,偏分离的研究会有更快的进展。但 是,目前关于偏分离的研究工作还处于初级阶段,虽 然已经发现并定位了一定数量偏分离位点,但是多 数偏分离的研究仍停留在表型的阶段,缺乏DNA水 平的报道,所发现的偏分离位点数目也较少,不能为 深入的研究提供丰富的信息,同时,偏分离位点的定 位方法也存在着局限性,不能适应更多的群体类型。 因此在以后的研究中应更注重上述方面的深入研 究,这将有助于更好地理解从远缘种向栽培种杂交 渐渗目的基因时的杂种致死和基因的非正常分离等 现象;有助于更好地标记定位偏分离基因和发现更 多的偏分离基因位点;有助于正确分析和利用偏分 离位点的选择效应;有助于获得正确的遗传图谱和 基于遗传图谱的QTL标记定位,最终获悉偏分离的 分子机制,这些对于植物的遗传研究和改良都是非 常重要的。 参考文献 [1] CameronD R,MoavR.InheritanceinNicotianatabacum.xx, VII.Pollenkiller,analiengeneticlocusinducingabortionofmi· crosporesnotcarryingit[J].Genetics,1957,42:326—335 [2] ScalesGJ,Kibirge-SebunyaI N.Preferentialabortionofgametes 万方数据 4期 刘海燕等:遗传群体偏分离研究进展 617 [3] [4】 [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] 【19】 [20] [21] [22] [23] [24] 【25] [26] [27] 如wheatinducedby帅^酽.oP”廿nchromo蚰me[J].canJGenet Cytol,1983,25:l一6 RjckCM.Abortionofmaleandfemalegametesint量letomatode— te咖inedbyaIIeIicinteractil,n[J].Genetics,1966,53:85·96 FoltzDW.S。gregationandlinkagestudiesofaIIozymeI('ciinpair cms8esofIheoysterc瑚sost他d口irgin妇【J].Biochemcenet, 1986,24:94l一956 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