基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表.doc

基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异.doc 基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表 【关键词】 K562细胞 辛伐他汀 基因芯片 研究证实辛伐他汀能抑制慢性粒细胞白血病细胞增殖并诱导其凋亡，但其作用机理尚不明确. 本实验采用基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因，以探讨其作用机制. 1材料和方法 1.1材料 辛伐他汀购自中国药品生物制品检定所，K562细胞购自四川大学华西免疫室，基因芯片检测由北京博奥完成. 1.2方法 1.2.1基因芯片筛选差异表达基因20μmol/L辛伐他汀作用48 h后收集K562细胞，提取总RNA，以Cy3, Cy5为荧光染料，按照文献,1,制备荧光标记cDNA，等量混合处理组和对照组荧光标记cDNA, 与芯片杂交后洗涤，激光扫描仪扫描芯片，分析差异表达基因，取四张芯片共同的差异表达基因作为本次实验的结果. 1.2.2定量RT PCR验证差异表达基因随机选取芯片结果中有差异表达的基因AXUD1, TNFRSF9,以β actin为内对照，分别用对照组和处理组cDNA为模板，采用定量RT PCR对芯片结果进行验证. 2结果 2.1差异表达基因的筛选利用GenePix Pro 4.0分析Cy3与Cy5的比值，一般认为比值在0.50~2.0范围内的基因不存在显著的差异表达，而在该范围之外的基因则被认为表达出现显著改变. 本实验以Ratio>2.0为基因表达上调，Ratio<0.50为基因表达下调. 辛伐他汀作用K562细胞后，基因芯片检测发现共有176条基因表达发生明显改变，包括16条未知基因表达改变. 其中151条基因表达上调，25条基因表达下调，部分差异表达基因见表1. 表1辛伐他汀作用K562细胞后部分差异表达基因(略) 2.2差异表达基因的验证定量RT PCR结果表明, 处理组K562细胞中AXUD1, TNFRSF9的相对含量较对照组显著增加，处理组与对照组的Ratio值分别为5.03和20.4，表明定量RT PCR验证的基因表达变化趋势与表达谱芯片的结果相吻合. 2.10S100P: S100钙结合蛋白P; ILK: 整和素连接激酶; SKP2: S期激酶相关蛋白2 (p45); CDKN1A: 细胞周期素依赖激酶抑制剂1A (p21); DDIT3: DNA损伤诱导转录因子3; TNFAIP3: 肿瘤坏死因子诱导蛋白3; MIPEP: 线粒体中间肽酶; AXUD1: AXIN1上调蛋白; DUSP1: 双特异性磷酸酶1; PPP1R15A: 蛋白磷酸酶1调控因子15A; SOCS1: JAK 结合蛋白; TNFRSF9: 肿瘤坏死因子受体超家族，成员9; TNFRSF10B: 肿瘤坏死因子受体超家族，成员10B; BNIP3L: BCL2/腺病毒E1B 19kD 结合蛋白样. 3讨论 研究证实他汀类药物具有抗肿瘤作用,2-4,，提示他汀类药物在肿瘤治疗方面具有广阔的应用前景. 辛伐他汀是他汀类药物中的一种，研究发现辛伐他汀可抑制K562细胞增殖并诱导其凋亡，但其作用机理目前尚不明确. 本实验采用基因芯片筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因，结果发现，约0.8%的基因具有2倍表达水平的差异. 同时定量RT PCR验证的AXUD1, TNFRSF9基因表达变化趋势与表达谱芯片结果相吻合，证明基因芯片在研究其作用机理方面具有可靠性和可行性. 根据基因功能的不同，初步将差异表达基因分为凋亡相关、信号传导相关、细胞周期相关和代谢相关等几大类，其中MIPEP，SKP2等基因表达下调，而OPTN，BNIP3L，CDKN1A等基因表达上调. 这些表达差异的基因与辛伐他汀抑制K562细胞增殖并诱导其凋亡的分子机制可能存在较大的关系，我们将辅以其它的方法进一步深入研究. 【