晶体结构解析步骤

晶体结构解析步骤 Steps to Crystallographic Solution (基于SHELXL97结构解析程序和DOS版SHELXTL画图软件。在DOS下操作) 注意： 1. 每一个晶体数据必须在D:/STRUCT下建立一子目录(如D:\STRUCT\AAA)，并将最初的数据备份一份于AAA目录下的子目录ORG; 2. 此处用了STRUCT.BAT批文件，它存在于C:\根目录下，内有path= c:\nix; c:\exe; d:\ struct; c:\windows\system32 (struct为工作目录，exe为SHELXL97程序，nix为SHELXTL画图) 3. 在了解DOS下操作之后，可在WIN的WINGX界面下进行结构解析工作，画图可用XP或DIAMOND软件进行。 一.        准备 1. 检查是否有inf、dat和f2(设为sss.f2)文件 2. 用EDIT或记事本打开dat或inf文件, 并于本上记录下相关数据(下面所说的记录均指记录于记录本上)： ⊕ 从% crystal data项中，记下晶胞参数及偏差(cell)；晶体大小(crystal size)；颜色(crystal color)；形状(crystal habit)；测量温度(experiment temperature)； ⊕ 从R merge项中，记下Rint＝?.???? %； ⊕ 从 total reflections项中，记下总点数； ⊕ 从unique reflections项中，记下独立点数 3. 双击桌面的DOS图标(或Win2000与WinNT的“命令提示符”) 4. 键入STRUCT(属于命令，大小写均可。下同) 5. 进入欲处理的数据所在的文件夹(上面的1~2工作也可在这之后进行) 6. 键入XPREP sss.f2 (屏幕显示DOS的选择菜单) 7. 选择[4]，回车(下记为) 8. 输入晶胞参数 (建议在一行内将6个参数输入，核对后) 9. 一系列运行(对应的操作动作均为按)之后，输入分子式(如, Cu2SO4N2C4H12。此分子式仅为估计之用。注意：反应中所有元素都应尽可能出现，以避免后续处理的麻烦) 10. 退出XPREP运行之前，机器要求输入文件名，此时一定要输入文件名，且不与初始的文件名同名。另外，不要输入扩展名。如可输入aaa 11. 检查是否产生有PRP、PAR和INS文件(PRP文件内有机器对空间群确定的简要

说明

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) 12. 更名：REN aaa.f2 aaa.hkl 13. 用EDIT或记事本打开aaa.ins文件，在第二~三行中，用实际的数据更改晶胞参数及其偏差(注意：当取向改变了，晶胞参数也应随之对应)，波长用实际波长。 二．解结构 14. 键入SHELXS aaa或XS aaa， (INS文件中, TREF为直接法，PATT为Pattersion法) 15. XP， (进入XP程序)(可能产生计算内址冲突问题，注意选择处理) 16. READ or REAP aaa (aaa.res 为缺省值，若其它文件应是文件名.扩展名，如aaa.ins) 17. FMOL, (不要H原子时，为FMOL LESS $H，或FMOL后，KILL $H, ) (读取各参数，屏幕上显示各原子的键合情况) 18. MPLN/N, (机器认为最好取向) 19. PROJ, (随意转动，直至你认为最理想取向) 20. PICK， (认为合理的位置投相应原子，如C原子键入C8，注意序号不能重复；不合理的用剔除，暂时不确定用空格键放弃，完成或不再投原子时键入"/") 21. SORT …….. (排序) 如，SORT $Cu $N $C $H 22. FILE aaa, (保存文件) 23. EXIT， 或QUIT， (退出XP程序) 24. 打开aaa.ins，删去原子序号之前的HKLF 4这一行以及机器自动产生的REM行(借助WINGX界面不会产生这一问题) 25. 键入SHELXL aaa (此时的目的是用Fourier峰和差值Fourier峰找其它原子) 26. 用EDIT或记事本打开aaa.LST文件(查看Fourier峰的大小，记住峰值大于5e/Å3以上的峰如Q1~Q8；如果前一次处理中有误，可能提示一些信息于文件中，请注意处理，去误存真) 27. 进行15~23步，投Qn(Fourier峰较大者) 28. 重复25~27步骤，直到解出完整结构模型(过程中可打开LST文件查看进行情况) 三．结构修正 29. 用EDIT打开aaa.ins，并完成： ⊕删去原子序号之前的HKLF 4这一行(修正时，不允许在原子序号前有HKLF 4；但HKLF n可放在END的前一行), 以及机器自动产生的REM行； ⊕在UNIT行后加入TEMP ?? (单位已设为°C)一行； ⊕加入 SIZE (晶体的三维尺寸 ???? ???? ????，单位已设为mm)一行； ⊕在MERG 2前加REM；在OMIT 4前加REM 30. 键入SHELXL aaa 31. 用EDIT打开aaa.res，并将END后的WGHT行移到FVAR行之后，另存为同名的INS文件作为输入的指令文件 32. 重复30~31步骤，完成同性修正。每一次修正后，均可打开LST文件查看运行情况。认为合理时，COPY aaa.res zzz.res (另存文件，以备用)。必要时，记下同性(此时)的R1和wR2因子(不要求完全收敛) 33. 用EDIT打开aaa.res，并将END后的WGHT行移到FVAR行之后，并在原子序号之前加入单独的ANIS n一行(ANIS为异性修正，n为原子个数，可根据情况设定)，存为同名的INS文件(履盖了原INS文件) 34. SHELXL aaa 35. 打开LST或RES文件，不合理时，修正INS文件ANIS n的n, 重复进行32~33步，直到合理后进行第36步 36. 进入XP程序，并加H。对C、N可理论加H，指令为HADD；对其它原子，则需采用Fourier加H，即第16步为REAP aaa ，第20步时投H原子 37. FILE aaa, (保存文件) 38. EXIT， (退出XP程序) 39. 用EDIT打开aaa.ins，并完成： ⊕更改 BOND 0.5为BOND $H ⊕将各个H原子移到相应原子之后，在H原子前加AFIX n3一行，H原子之后加AFIX 0一行(有关n的规定，请查看SHELXL说明书)； ⊕删去原子序号之前的HKLF 4这一行(修正时，不允许在原子序号前有HKLF 4),以及机器自动产生的REM行； ⊕如果非N、C原子仍不能找出H原子，可提高PLAN后的数值(残峰多一点) 40. 重复29~30和34~38步，继续修正，以致H尽可能全部找出(如果实在找不出，应在记录本上说明具体情况) 41. 重复29~30步，直到R1收敛，Shift/error最小(0.00?)，残余峰小（<1e/Å3）。此时，结构精修工作完成。强烈建议将这时的文件另存一备份(可履盖同性备份文件)，COPY aaa.res zzz.res 四．氢键查找 氢键查找有多种方法，这里只是操作最简单的机器自动产生方法 42. 用EDIT打开aaa.res，END后的WGHT行移到FVAR行之后，并在UNIT行后加入HTAB一行，存为同名的INS文件(履盖了原INS文件) 43. SHELXL aaa 44. 打开LST文件，记录下H键情况。并将H键情况拷贝到RES文件中的原子序号之前、BOND之后，并将它们编成HTAB O2 N2_$1形式($1为对称性代码，用EQIV在HTAB之前定义)，存编辑后的RES文件为INS文件(履盖了原INS文件) 45. SHELXL aaa 46. 用EDIT打开LST文件，核查用HTAB a b产生的H键是否全了和准确(和机器HTAB产生的H键对比)（用HTAB a b产生的H键和用机器HTAB产生的H键的差别在于前者可直接写入CIF文件中并在以后的处理中自动产生H键

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，而后者不能；同时，有时机器HTAB产生的H键不合理，如一个给体同时与三个或以上受体产生H键，这必须依据H键的键长和键角用人工HTAB a b方式挑出正确的） 47. 记录下H键情况，以备画图之用 五．产生晶体学表 48. 用EDIT打开含H键命令的aaa.res，并完成： ⊕END后的WGHT行移到FVAR行之后； ⊕去掉LIST 行； ⊕在UNIT行之后加ACTA一行(以产生晶体学文件CIF和FCF) ⊕在ACTA行之后加TEMP(测量温度)(21°C, 为TEMP 21)、SIZE各一行 ⊕可在CONF前加REM ⊕另存为同名的INS文件(履盖了原INS文件) 49. SHELXL aaa (运行之后将产生CIF和FCF两个文件) 50. 用EDIT打开CIF文件，输入晶系、空间群、颜色、形状、总衍射点数和Rint等参数 51. CIFTAB aaa (键入命令之前，可先关闭打印机，以免产生错误动作) T … 注意：实验室统一规定，晶体学数据文本文件统一存为aaa.TXT；衍射点文件统一为aaa.SFT 52. 用EDIT打开aaa.res，在ACTA命令前加REM，以免产生误操作，增加CIF文件48步的编辑工作。至此，结构解析工作基本完毕(结构解析还包括最小二乘平面的计算MPLA、画图等工作) 六．画结构图 53. 进行15~19步骤。其中，17步为READ ZZZ.RES(RES可省。ZZZ.RES为H键产生前的文件) 54. 画ORTEP图：JOIN 5 ＄H；LABL 1 550；TELP 0 -50 55. 画堆积(PACKING)图：MATR n(n = 1,2或3)；PBOX；PACK(其中有许多操作，最后记得选sgen/mol后退出); LABL 1 330; TELP CELL 56. 画特殊图 ********************************* 实验室对原子的颜色和线条(ATYP)统一规定为： ATYP n $atom: n=1 for C; 2 for O; 3 for N; 4 for V, Mo or W; n=5 for Cu, Ni, etc. 8 for Cl or X; 3 for tetrahedron 7 for octahedron. 注意：画图的指令很多，可通过HELP获得帮助。每一图都应输入一文件名，文件名应一目了然。如：BALL为球棒图；ELL50(.PLT)为ORTEP图；PKA为沿a轴的投影图；PKB为沿b轴的投影图；PKC为沿c轴的投影图；HA为沿a轴的H氢键图；1D为一维链图等。如果是随意的，应在记录本上记下对应文件名的意义。 说明：在写论文时，作为初稿，可用XP的VIEW/W 命令在屏幕上显示图后，用拷屏方法先嵌于文中。作为正式稿，则采用其它方式插入图。常用方法有三：一是将图打印出来，指令为XP下的DRAW ELL50 (ELL50为PLT文件)，后扫描成TIFF文件；二是XP下的DRAW ELL50.PLT文件为HPL文件，后在WINGX下转化为PS文件，再用PHOTOSHOP转化为TIFF文件；三是直接在DIAMOND下直接作图，并将图拷贝到PHOTOSHOP转化为TIFF文件。三种方法各有优缺点，第一种方法的PLT图文件很小，是TIFF文件的1/10~1/100，且图像清晰，但要外部扫描。第二种方法将可在计算机内直接操作，不需要纸，但产生了两个较大的图文件HPL和TIFF，且转成黑白图时原彩色图不清晰。第三种方法的最大优点是图像艳丽(也可设置成黑白图)，适于画多面体图和制作幻灯片，但其指令较多，且文件非常庞大，在计算机存储空间足够大时是很好的一种方法。(一般稿件要求提供TIFF图或EP图，晶体学期刊要求提供HPL图) 七．晶体学表WORD表格化 57. 从WORD打开aaa.txt文件，用表格相关命令将之转化为WORD表格，并另存为aaa.doc文件 aaa.ins文件的格式(常用) TITL --title up to 76 characters CELL--wavelength in Å and unit cell in Å & degree ZERR--Z(number of molecule = unite-content/molecule-formula), cell esd's LATT--lattice type SYMM--symmetry operators SFAC--to define scattering factor numbers UNIT--unit cell contents in the same order SIZE--crystal dimensions, e.g. SIZE 0.61 0.039 0.023 TEMP--temperature, e.g. temp 22 L.S. n --n cycles full-matrix least-squares ACTA--CIF-output, bonds, Fourier peak search OMIT h k l --to suppress bad reflections BOND $H(/0.5)--including H(/ or non-H) in bong lengths/angles tables CONF--all torsion angles except involving H EQIV $1 -x+1, -y+1, -z-- symmetry operation HTAB--H-bonds will be listed in the LST file HTAB a d--(a is the acceptor, d is the donor. This command can code H-bonds into the CIF file.) HFIX m7 or m3--(7 for rotating model, 3 for riding model, and m see 'help HADD') BIND a b--to join atoms a and b RTAB H..D--to list the distance of H and D (e. g., RTAB H..D H1 O2_$1) RTAB AHD--to list the angle of H bonding (e. g., RTAB AHD N1 H1 O2_$1) MPLA n atom1 atom2 …-- to list the derivation of plan(<0.03Å basic plane, <0.07 near plane, >0.07Å out of plane) FMAP n--Fo-Fc Fourier (when n<0, hole peaks will also be found) PLAN n--no. of peak list EXTI-- to refine an isotropic extinction parameter SWAT-- to calculate the solvent effect ANIS n -- to convert n atoms from isotropically to anisotropically WGHT--weighting shceme FVAR--over scale and free for U(H). When partial occupancy, it will be more than 2 values. Atom name , SFAC number x y z, U(iso) or Uij. The progam automatically generates special position constraints. AFIX mn--(see HFIX) AFIX 0 HKLF 4-- to read h,k,l Fo^2,sigma(Fo^2) from .hkl data file END