Gaussian 09 &GaussView5.0使用教程

Gaussian09&GaussView5.0GaussView与GaussianGaussView是Gaussian软件的图形用户界面；GaussView5.0Gaussian09GaussView4.0GaussView3.0Gaussian03GaussView2.0GaussView1.0Gaussian98GaussView与GaussianGaussView5.0完美的支持Gaussian09：搭建或者导入分子结构，用以创建输入文件；以图形化的方式自然直观的查看输出结果；绘制各种图谱；即时提交和监控计算（需要本机装有Gaussian软件）GaussView简介本章提纲：GaussView的窗口组成GaussView鼠标键盘操作构建工具面板【Builder】文件工具栏【File】坐标工具栏【Coordinates】视图工具栏【View】文件窗口工具栏【Windows】计算工具栏【Calculate】查看计算结果【Results】GaussView的窗口组成独立工具条视图-----分子工具栏-----计算工具栏-----文件工具栏-----坐标工具栏-----视窗工具栏----文件窗口工具栏构建工具面板GaussView的窗口组成主控窗口含有菜单条和当前选择的分子碎片。各类工具默认时，位于主控窗口的菜单条下面。这些工具可以被分开，也可按要求重新排列在主控窗口内。各类对话窗口对应于GaussView的不同用途。一个或多个分子模型视窗控制程序功能的各类预置点击【File】→【Preferences】GaussView鼠标键盘操作﹡鼠标的操作在窗口内任意位置点击鼠标左键并按住，此时移动鼠标，窗口内所有分子跟随转动。在窗口内任意位置点击鼠标右键并按住上下移动鼠标：分子会放大缩小左右移动鼠标：分子沿垂直屏幕的轴转动。在窗口内任意位置点击鼠标中键（或者滚轮）并按住，此时移动鼠标，屏幕内的所有分子将跟随平移。使用滚轮前后滚动，当前窗口内分子放大缩小。键盘与鼠标配合当窗口中有多个分子,只想转动或者移动其中一个分子,按住键盘【Alt】键用鼠标左键点击某个分子并按住，此时移动鼠标，只有被点击的分子会转动；用鼠标中键（或滚轮）点击某个分子并按住，移动鼠标，只有被点击的分子会跟随鼠标移动用鼠标右键分子点击某个分子并按住，左右移动鼠标，只有被点击的分子会沿一个垂直屏幕的轴转动；如果鼠标没有中键/滚轮，或者使用中失效的处理：按住【Alt】+【Shift】键，用鼠标左键点击你要转动的分子并按住，只有被点击的分子会跟随鼠标移动练习1使用刚才讲述的键盘鼠标操作知识将三个苯环摆到相互重叠的位置GV_exercise_1.gjfGV_exercise_1_OK.gjf调出独立的Builder面板点击【View】菜单中的【Builder】即可调出独立的Builder面板，该面板是一个前置的面板，即始终显示在其它面板/窗口的上方，有利于全屏幕搭建分子时使用。构建工具面板【Builder】元素工具工具栏“图钉”“图钉”未按下选择了需要的元素片断之后窗口会关闭。“图钉”已按下选择了需要的元素片断之后窗口不关闭。环工具1常见分子片断和生物分子残基常见分子片断和生物分子残基自定义分子片断键长、键角、二面角图形显示中的化学键优化完了，用GaussView打开，发现键断了或者键级变了怎么办？这是很正常的现象，图形界面中为了清晰显示，使用各种球棒模型来表示原子和化学键，用棒的多少表示键级，但真实的体系中只存在很小的原子核和它们周围相互重叠的电子云。GaussView的显示也只是经验性的，不能因为GaussView显示了化学键就认为原子间成键，没有显示就认为没有成键。建模时，你可以给离得很远的两个原子之间定义化学键，使它们一起移动，也可以移除离得很近的的两个原子之间定义的化学键来调整员之间的相对位置。练习2通过转动二面角将全重叠式丁烷转成全交叉式GV_exercise_2.gjfGV_exercise_2_OK.gjf全重叠式全交叉式Builder面板一些图标的意义选择所有的原子不选择任何原子选择单个原子选择多个原子查询重新键和添加一个键合原子(默认添加H)删除一个原子在质心添加一个原子/碎片GaussView5.0新增功能例如,在C60中所有原子的质心放置一个原子GaussView的三个层次视图分子集合-----分子模型-----模型视图1.分子集合（MolecularGroup）2.分子模型（Molecule）3.模型视图（View）分子集合(MoleculeGroup)分子集合中可以包括一个或多个分子。对于包括一个以上分子的分子集合，有两种显示模式:单分子视图模式和多分子视图模式。单分子视图模式每次只显示单个分子，当前显示的分子编号显示在工具栏上，并可在单分子视图模式和多分子视图模式间切换。如果有多个窗口打开同一分子，可能涉及不同的观察视图。因此，可以按不同视图观察、显示同一分子的不同取向和不同性质。标题栏的识别信息每个视图上的标题栏也显示当前分子集合、分子模型及模型视图的信息每一个分子集合用不同颜色加以区别，与某分子集合相关的其他视图都将采用与分子集合相同的图标颜色，即用颜色识别分子集合。除了颜色标识外，每个视图都通“Group/Molecule/View”标识符进行唯一识别。该标识符由分子集合(G)、分子编号(M)和视图编号(V)组成。分子集合中的每个分子从1开始连续编号，如果某个分子被从分子集合中删除，分子将重新编号以保持其连续性。标题栏识别Group3Molecule2View1视图显示设置文件工具栏【File】从浏览器中拖入GV窗口可以次选择多个文件用鼠标左键直接拖入GV窗口中，此时默认是为每个文件创建一个分子集合窗口；用鼠标右键拖入GV窗口，松开右键时可以选择打开模式每个文件一个分子集合所有文件做成一个分子集合用所有文件创建一个分子File菜单：文件打开保存【New】新建分子模型，有两种创建形式：(1)创建新的分子集合；(2)在当前分子集合中添加新的分子。【Open】打开已有模型和其他输出文件【RecentFiles】快速打开最近打开过的文件；【RelatedFiles】快速打开与当前活动分子相关的文件【Refresh】从原始文件重新加载当前分子。【ViewFile】打开计算结果文件【Results】打开当前模型分子的结果文件。【Save】保存分子，将当前分子保存成输入文件。File菜单：其它功能【Print】命令或点击打印按钮进行打印。【SaveImageFile】将当前视图窗口中的影像保存到一个外部影像文件中。【SaveMovie】用于保存当前分子集合中的不同帧作为一个电影文件。【Preferences】指定GaussView的各项默认设置。剪切、复制、粘贴、删除粘贴有三种方式：添加到同一个分子集合中的新的分子替换当前视图中的分子（不可恢复，慎重使用！）附加到当前视图中删除执行后不可恢复，慎重使用！坐标工具栏【Coordinates】原子列表编辑器【Edit】→【AtomList】连接关系编辑器【Edit】→【Connection】冗余坐标编辑器【Edit】→【RedundantCoordinates】点群对称性【Edit】→【Pointgroup】有对称性的分子，在计算中使用对称性能极大的提升计算速度。练习从头构建二茂铁分子，并将分子对称化到D5d。推荐步骤如下：搭建茂环（D5hC5H5）将搭建好的茂环append一份到窗口中，然后将两个茂环放置为堆积状态，调整环间距离约3.3埃旋转其中一个环，使两个茂环处于交叉构象，并使用点群对称化。用在质心加入原子的方法加入铁原子并对称化。调整键长到距离并定义联接关系。目标键长RC-C=1.44RC-H=1.07RC-Fe=2.10GV_Exercise_3_OK.gjf分子轨道编辑器【Edit】→【MOs】要查看分子轨道图形需要打开chk或者fchk文件一些连接编辑器使用鼠标也可对原子进行重排，其操作以参考原子为基础进行:①左键点击。指定点击原子为参考原子。②右键点击。点击原子与参考原子交换原子标签，该原子成为新的参考原子。冗余坐标编辑器用于创建和编辑冗余坐标,冗余坐标常用于Gaussian优化或势能面扫描中。分子轨道编辑器注意需从检查点文件中读入文件。计算工具栏【Calculate】◆创建Gaussian作业【Calculate】→【GaussianCalculationSetup】【JobType】选项卡【Method】选项卡【Title】选项卡【Link0】选项卡【General】和【Guess】NBO、Solvation和PBC7.【NBO】面板8.【Solvation】面板9.【PBC】面板为计算设置默认值【File】→【Preferences】→【GaussianSetup】在GaussianCalculationSetup对话框的底部可以看到已有的计算。点击【Calculate】→【GaussianCalculationScheme】,可弹出GaussianCalculationSchemes窗口，从中选择要使用的计算方案，并应用到当前分子中。对于新分子，初始将采用Default方案。但可以在如下对话框中查看或修改各种已有方案的属性。底部按钮说明【Submit】使用当前输人文件运行Gaussian计算。【QuickLaunch】直接运行Gaussian作业。【Cancel】关闭对话框返回所有选项为默认值。【Edit】使用外部文本编辑器直接编辑输入文件，未保存之前，是不可直接编辑的。【Retain】关闭对话框，但输入文件不会被创建或更新，也不会提交Gaussian作业。【Defaults】恢复所有的选项为默认值。【Help】提供对话框的在线帮助。快速运行作业传统方法点【Calculate】→【GaussianCalculationSetup】，然后在其中修改其作业选项，完成后点击【Submit】按钮，并为要保存的输入文件指定文件名和文件位置。快速运行作业点击【Calculate】→【GaussianQuickLaunch】，或在工具栏的图标(QuickLaunch)上点击右边的下拉菜单，引出含有【TempFile】(从临时输入文件提交计算作业)、【SaveFile】(保存输入文件后提交计算作业)以及【SaveandEditFile】(保存并编辑后提交计算作业)三项的子菜单。本机需要安装有Gaussian09软件观察和控制计算【Calculate】→【CurrentJobs】该窗口显示了当前正在运行的由GaussView启动的所有计算作业(只有本次GaussView启动以后的作业才会显示)。这里显示的作业包括由Gaussian对话框提交的Gaussian作业、GaussView提交的输入文件编辑的Gaussian作业以及为创建和显示表面而运行的Cubegen这类GaussianUtilities作业。查看Gaussian结果显示结果数据摘要【Results】→【Summary】点击【Results】→【ViewFile】，或在上述对话框中点击【ViewFile】按钮，可打开该计算作业的日志文件(*.log)显示原子电荷【Results】→【ChargeDistribution】显示表面和等高线【Results】→【Surfaces/Contours】一些例子分子轨道和静电势表面一些例子映射表面轨道等高线显示振动模式及光谱等【Results】→【Vibrations】显示紫外可见光谱如果计算了分子的激发态，点击【Results】→【UV-VIS】将显示由激发态计算的光谱。显示NMR光谱查看其他图形例如观察二变量扫描计算的三维图