伯杰氏细菌系统分类学手册

伯杰氏细菌系统分类学 伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册《伯杰氏细菌系统分类学手册》(“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”)，第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity Mattew Winters 和 Nenise B. Searles 第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生(进化)的框架为基础。参照了 16S rDNA 的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的 5、6 年间，可能会再发现 100 多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站(www.cme.msu.edu/bergeys)也会定期更新。第二版的第一卷在 2001 年 5 月出版;第二卷在 2004 年 2 月出版。古生菌域 (Domain “Archaea”)1. 第 AI 门 泉古生菌门Crenarchaeota phy. nov.第 I 纲 热变形菌纲Thermoprotei class. nov.第 I 目 热变形菌目Thermoproteales第 I 科 热变形菌科Thermoproteaceae第 I 属 热变形菌属Thermoproteus第 II 属 热杆菌属Caldivirga第 III 属 热棒菌属Pyrobaculum第 IV 属 热枝菌属Thermocladium第 II 科 热丝菌科 热丝菌属Thermofilum第 II 目 硫还原古球菌目Thermofilaceae第 I 属 Desulfurococcales ord. nov.第 I 科 硫还原古球菌科Desulfurococcaceae第 I 属 硫还原古球菌属Desulfurococcus第 II 属 Acidolobus第 III 属 气热菌属Aeropyrum第 IV 属 浆果状火球菌属Ignicoccus第 V 属 葡萄嗜热菌属Staphylothermus第 VI 属 斯梯特氏菌属Stetteria第 VII 属 恐硫球菌属Sulfophobococcus第 VIII 属 热盘菌属 IX 属 耐热球菌属Thermosphaera第 II 科 热网菌科Thermodiscus gen. nov.第 Pyrodictiaceae第 I 属 热网菌属Pyrodictium第 II 属 栖高温菌属Hyperthermus第 III 属 热叶菌属Pyrolobus第 III 目 硫化叶菌目Sulfolobales第 I 科 硫化叶菌科Sulfolobaceae第 I 属 硫化叶菌属Sulfolobus第 II 属 酸菌属Acidianus第 III 属 生金球菌属Metallosphaera第 IV 属 栖冥河菌属Stygiolobus第 V 属 硫代谢球菌属Sulfurisphaera第 VI 属 硫化球菌属Sulfurococcus2.第 AII 门 广古生菌门Euryarchaeota phy. nov.第 I 纲 甲烷杆菌纲Methanobacteria class. nov.第 I 目 甲烷杆菌目Methanobacteriales第 I 科 甲烷杆菌科Methanobacteriaceae第 I 属 甲烷杆菌属Methanobacterium第 II 属 甲烷短杆菌属Methanobrevibacter第 III 属 甲烷球形菌属Methanosphaera第 IV 属 甲烷嗜热杆菌属Methanothermobacter第 II 科 甲烷嗜热菌科Methanothermaceae第 I 属 甲烷嗜热菌属Methanothermus第 II 纲 甲烷球菌纲Methanococci class. nov.第 I 目 甲烷球菌目Methanococcales第 I 科 甲烷球菌科Methanococcaceae第 I 属 甲烷球菌属Methanococcus第 II 属 甲烷嗜热球菌属Methanothermococcus gen. nov.第 II 科 甲烷热球菌科Methanocaldococcaceae fam. nov.第 I 属 甲烷热球菌属Methanocaldococcus gen. nov.第 II 属 甲烷干热菌属Methanotorris gen. nov.第 II 目 甲烷微菌目Methanomicrobiales第 I 科 甲烷微菌科Methanomicrobiaceae第 I 属 甲烷微菌属Methanomicrobium第 II 属 甲烷袋状菌属Methanoculleus第 III 属 产甲烷袋菌属Methanofollis第 IV 属 产甲烷菌属Methanogenium第 V 属 叶形甲烷菌属Methanolacinia第 VI 属 甲烷盘菌属Methanoplanus第 II 科 甲烷粒菌科Methanocorpusculaceae第 I 属 甲烷粒菌属Methanocorpusculum第 III 科 甲烷螺菌科Methanospirillaceae fam. nov.第 I 属 甲烷螺菌属Methanospirillum未定属第 I 属 产甲烷石状菌属Methanocalculus第 III 目 甲烷八叠球菌目Methanosarcinales第 I 科 甲烷八叠球菌科Methanosarcinaceae第 I 属 甲烷八叠球菌属Methanosarcina第 II 属 甲烷拟球菌属Methanococcoides第 III 属 甲烷喜盐菌属Methanohalobium第 IV 属 甲烷嗜盐菌属Methanohalophilus第 V 属 甲烷叶菌属Methanolobus第 VI 属 甲烷微球菌属Methanomicrococcus第 VII 属 甲烷盐菌属Methanosalsum gen.nov.第 II 科 鬃毛甲烷菌科Methanosaetaceae fam.nov.第 I 属 鬃毛甲烷菌科属Methanosaeta第 III 纲 盐杆菌纲Halobacteria class. nov.第 I 目 盐杆菌目Halobacteriales第 I 科 盐杆菌科Halobacteriaceae第 I 属 盐杆菌属Halobacterium第 II 属 盐盒菌属Haloarcula第 III 属 盐棒杆菌属Halobaculum第 IV 属 盐球菌属Halococcus第 V 属 富盐菌属Haloferax第 VI 属 盐几何形菌属Halogeometricum第 VII 属 盐杆状菌属Halorhabdus第 VIII 属 盐红菌属Halorubrum第 IX 属 盐栖菌属Haloterrigena第 X 属 无色嗜盐菌属Natrialba第 XI 属 钠线菌属Natrinema第 XII 属 嗜盐碱杆菌属(Natronobacterium)第 XIII 属 嗜盐碱球菌属Natronococcus第 XIV 属 嗜盐碱单胞菌属Natronomonas第 XV 属 碱红菌属Natronorubrum第 IV 纲 热原体纲Thermoplasmata class. nov.第 I 目 热原 I 科 热原体科Thermoplasmataceae fam. nov.第 I 体目Thermoplasmatales ord. nov.第 属 热原体属Thermoplasma第 II 科 嗜酸古菌科Picrophilaceae第 I 属 嗜酸古菌属Picrophilus第 III 科 铁原体科Ferroplasmataceae第 I 属 铁原体属Ferroplasma第 V 纲 热球菌纲Thermococci class. nov.第 I 目 热球菌目Thermococcales第 I 科 热球菌科Thermococcaceae第 I 属 嗜热球菌属Thermococcus第 II 属古老球菌属 III 属 热球菌属Pyrococcus第 VI 纲 古生球菌纲Archaeoglobi class. Palaeococcus第 nov.第 I 目 古生球菌目Archaeoglobales ord. nov.第 I 科 古生球菌科 Archaeoglobaceae fam. nov.第 I 属 古生球菌属Archaeoglobus第 II 属 铁球菌属Ferroglobus第 VII 纲 甲烷嗜高热菌纲Methanopyri class. nov.第 I 目 甲烷嗜高热菌目Methanopyrales ord. nov.第 I 科 甲烷嗜高热菌科Methanopyraceae fam. nov.第 I 属 甲烷嗜高热菌属Methanopyrus3.细菌域“Bacteria”第 BI 门 产液菌门Aquificae phy. nov.第 I 纲 产液菌纲Aquificae class. nov.第 I 目 产液菌目Aquificales ord. nov. 第 I 科 产液菌科 Aquificaceae fam. nov.第 I 属 产液菌属Aquifex第 II 属 热杆菌属Calderobacterium第 III 属 氢杆菌属Hydrogenobacter第 IV 属 热发状菌属Thermocrinis未定属第 I 属 脱硫杆状菌属Desulfurobacterium4.第 BII 门 栖热袍菌门Thermotogae phy. nov.第 I 纲 栖热袍菌纲Thermotogae class. nov.第 I 目 栖热袍菌目Thermotogales ord. nov.第 I 科 栖热袍菌科Thermotogaceae fam. nov.第 I 属 栖热袍菌属Thermotoga第 II 属 闪烁杆菌属Fervidobacterium第 III 属 地袍菌属Geotoga第 IV 属 石袍菌属Petrotoga第 V 属 栖热腔菌属Thermosipho5.第 BIII 门 热脱硫杆菌门Thermodesulfobacteria phy. nov.第 I 纲 热脱硫杆菌纲 Thermodesulfobacteria class. nov.第 I 目 热脱硫杆菌目Thermodesulfobacteriales ord. nov.第 I 科 热脱硫杆菌科Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.第 I 属 热脱硫杆菌属Thermodesulfobacterium6.第 BIV 门 异常球菌——栖热菌门 Deinococcus-Thermus第 I 纲 异常球菌纲Deinococci class. nov.第 I 目 异常球菌目Deinococcales第 I 科 异常球菌科Deinococcaceae第 I 属 异常球菌属Deinococcus第 II 目 栖热菌目Thermales ord. nov.第 I 科 栖热菌科Thermaceae fam. nov.第 I 属 栖热菌属Thermus第 II 属 稍热菌属Meiothermus7.第 BV 门 金矿菌门Chrysiogenetes phy. nov.第 I 纲 金矿菌纲Chrysiogenetes class. nov.第 I 目 金矿菌 目Chrysiogenales ord. nov.第 I 科 金矿菌科Chrysiogenaceae fam. nov.第 I 属 金矿菌属Chrysiogenes8.第 BVI 门 绿屈挠菌门Chloroflexi phy. nov.第 I 纲 绿屈挠菌纲Chloroflexi第 I 目 绿屈挠菌目Chloroflexales第 I 科 绿屈挠菌科 Chloroflexaceae 第 I 属 绿屈挠菌属(Chloroflexus)第 II 属 绿丝菌属Chloronema第 III 属 螺丝菌属Heliothrix第 II 科 颤绿细菌科 Oscillochloridaceae第 I 属 绿颤细菌属Oscillochloris第 II 目 滑柱菌目Herpetosiphonales第 I 科 滑柱菌科 Herpetosiphonaceae第 I 属 滑柱菌属Herpetosiphon第 BVII 门 热微菌门Thermomicrobia phy. nov.第 I 纲 热微菌纲Thermomicrobia class. nov.第 I 目 热微菌目Thermomicrobiales ord. nov.第 I 科 热微菌科Thermomicrobiaceae fam. nov.第 I 属 热微菌属Thermomicrobium第 BVIII 门 硝化螺菌门Nitrospira phy. nov.第 I 纲 硝化螺菌纲Nitrospira第 I 目 硝化螺菌目Nitrospirales第 I 科 硝化螺菌科Nitrospiraceae第 I 属 硝化螺菌属Nitrospira第 II 属 钩端螺菌属Leptospirillum第 III 属 磁细菌属Magnetobacterium第 IV 属 热脱硫弧菌属Thermodesulfovibrio第 铁还原杆菌门Deferribacteres phy. nov.第 I 纲 铁还原杆菌纲Deferribacteres BIX 门 class. nov.第 I 目 铁还原杆菌目Deferribacterales ord. nov.第 I 科 铁还原杆菌科Deferribacteraceae fam. nov.第 I 属 铁还原杆菌属Deferribacter第 II 属 氮还原弧菌属Denitrovibrio第 III 属 弯枝菌属“Flexistipes”第 IV 属 地弧菌属Geovibrio未定属第 I 属 互养菌属Synergistes第 BX 门 蓝细菌门Cyanobacteria第 I 纲 蓝细菌 I 亚组 第I科第 I 形态属 管孢蓝细菌属Chamaesiphon第 II 形态Cyanobacteria第 属 色球蓝细菌属Chroococcus第 III 形态属 蓝细菌属Cyanobacterium第 IV 形态属 蓝菌属Cyanobium第 V 形态属 蓝丝菌属Cyanothece第 VI 属 蓝菌属Dactylococcopsis第 VII 形态属 粘杆菌属Gloeobacter第 VIII 形态属 粘球蓝细菌属Gloeocapsa第 IX 形态属 粘杆蓝细菌属Gloeothece第 X 形态属 微囊蓝胞菌属Microcystis第 XI 形态属 原绿球菌属Prochlorococcus第 XII 形态属 原绿蓝细菌属Prochloron第 XIII 形态属 聚球蓝细菌属Synechococcus第 XIV 形态属 集胞蓝细菌属Synechocystis第 II 亚组第I科第 I 形态属 蓝囊胞菌属Cyanocystis第 II 形态属 小皮果蓝细菌属Dermocarpella第 III 形态属 斯塔尼尔氏菌属Stanieria第 IV 形态属 异球蓝细菌属Xenococcus第 II 科第 I 形态属 拟色球蓝细菌属Chroococcidiopsis第 II 形态属 粘八叠球菌属Myxosarcina第 III 形态属 宽球蓝细菌属Pleurocapsa第 III 亚组 第一科第 I 形态属 节螺蓝细菌属Arthrospira第 II 形态属 博氏蓝细菌属Borzia第 III 形态属 发毛针蓝细菌属Crinalium第 IV 形态属 吉特勒氏线状蓝细菌属Geitlerinema第 V 属 盐螺旋藻属Halospirulina第 VI 形态属 纤发鞘丝蓝细菌属Leptolyngbya第 VII 形态属 湖丝蓝细菌属Limnothrix第 VIII 形态属 鞘丝蓝细菌属Lyngbya第 IX 形态属 微鞘蓝细菌属Microcoleus第 X 形态属 颤蓝细菌属Oscillatoria第 XI 形态属 浮霉丝状蓝细菌属Planktothrix第 XII 形态属 原绿丝蓝细菌属Prochlorothrix第 XIII 形态属 假鱼腥蓝细菌属Pseudanabaena第 XIV 形态属 螺旋蓝细菌属Spirulina第 XV 形态属 斯塔尔氏蓝细菌属Starria第 XVI 形态属 束蓝细菌属Symploca第 XVII 形态属 束毛蓝细菌属Trichodesmium第 XVIII 形态属 灰线蓝细菌属Tychonema第 IV 亚组第I科第 I 形态属 鱼腥蓝细菌属Anabaena第 II 形态属 项圈蓝细菌属Anabaenopsis第 III 形态属 蓝束丝蓝细菌属Aphanizomenon第 IV 形态属 蓝螺菌属Cyanospira第 V 形态属 拟筒孢蓝细菌属 Cylindrospermopsis第 VI 形态属 筒孢蓝细菌属Cylindrospermum第 VII 形态属 节球蓝细菌属Nodularia第 VIII 形态属 念珠蓝细菌属Nostoc第 IX 形态属 伪枝蓝细菌属Scytonema第 II 科第 I 形态属 眉蓝细菌属Calothrix第 II 形态属 胶须蓝细菌属Rivularia第 III 形态属 单歧蓝细菌属Tolypothrix第 V 亚组第I科第 I 形态属 拟绿胶蓝细菌属Chlorogloeopsis第 II 形态属 飞氏蓝细菌属Fischerella第 III 形态属 吉特勒氏蓝细菌属Geitleria第 IV 形态属 Iyengariella第 V 形态属 拟念珠蓝细菌属Nostochopsis第 VI 形态属 真枝蓝细菌属Stigonema第 BXI 门 绿菌门Chlorobi phy. nov.第 I 纲 “绿菌纲”“Chlorobia”第 I 目 绿菌目Chlorobiales第 I 科 绿菌科Chlorobiaceae第 I 属 绿菌属Chlorobium第 II 属 绿臂菌属Ancalochloris第 III 属 绿滑菌属Chloroherpeton第 IV 属 暗网菌属Pelodictyon第 V 属 突柄绿菌属Prosthecochloris第 BXII 门 变形杆菌门Proteobacteria phy. nov.第 I 纲 “阿耳法变形杆菌纲”“Alphaproteobacteria”第 I 目 红螺菌目Rhodospirillales第 I 科 红螺菌科 Rhodospirillaceae第 I 属 红螺菌属Rhodospirillum第 II 属 固氮螺菌属Azospirillum 磁螺菌属Magnetospirillum第 IV 属 棕色螺菌属Phaeospirillum第 V 属 第 III 属 红篓菌属Rhodocista第 VII 属 红螺旋菌属Rhodospira第 VII 属 海玫瑰菌属Rhodothalassium第 VIII 属 玫瑰弧菌属Rhodovibrio第 IX 属 蔷薇螺菌属Roseospira第 X 属 斯科曼氏球菌属Skermanella第 II 科 醋杆菌科Acetobacteraceae第 I 属 醋杆菌属Acetobacter第 II 属 嗜酸菌属Acidiphilium第 III 属 酸球形菌属 IV 属 酸胞菌属Acidocella第 V 属 酸单胞菌属Acidomonas第 VI Acidisphaera第 属 Asaia第 VII 属 脆弱球菌属Craurococcus第 VIII 属 葡糖酸醋杆菌属 Gluconacetobacter第 IX 属 葡糖杆菌属Gluconobacter第 X 属 副脆弱球菌属Paracraurococcus第 XI 属 红球形菌属Rhodopila第 XII 属 玫瑰球菌属Roseococcus第 XIII 属 星状菌属Stella第 XIV 属 扎瓦尔金氏菌属Zavarzinia第 II 目 立克次氏体目Rickettsiales第 I 科 立克次氏体科Rickettsiaceae第 I 属 立克次氏体属Rickettsia第 II 属 东方体属Orientia第 III 属 沃尔巴克氏体属Wolbachia第 II 科 埃里希氏体科Ehrlichiaceae第 I 属 埃里希氏体属Ehrlichia第 II 属 埃及小体属Aegyptianella第 III 属 无形小体属Anaplasma第 IV 属 考德里氏体属Cowdria第 V 属 新立克次氏体属Neorickettsia第 VI 属 Xenohaliotis第 III 科 “全孢螺菌科”“Holosporaceae”第 I 属 全孢螺菌属Holospora第 II 属 杀手杆菌屑Caedibacter第 III 属 溶菌属Lyticum第 IV 属 多核杆菌属Polynucleobacter第 V 属 类杀手杆菌属Pseudocaedibacter第 VI 属 共生小体属Symbiotes第 VII 属 罩杆菌属Tectibacter第 VIII 属 Odyssella第 III 目 红杆菌目Rhodobacterales第 I 科 红杆菌科Rhodobacteraceae第 I 属 红杆菌属Rhodobacter第 II 属 阿赫兰氏菌属Ahrensia第 III 属 下水道球菌属Amaricoccus第 IV 属 南极杆菌属Antarctobacter第 V 属 芽殖杆菌属Gemmobacte r第 VI 属 海氏菌属Hirschia第 VII 属 生丝单胞菌属Hyphomonas第 VIII 属 海洋杆状菌属Maricaulis第 IX 属 甲基盒菌属Methylarcula第 X 属 十八杆菌属Octadecabacter第 XI 属 副球菌属Paracoccus第 XII 属 小红卵菌属Rhodovulum第 XIII 属 玫瑰菌属Roseibium第 XIV 属 Roseinatronobacter第 XV 属 粉红活动菌属Roseivivax第 XVI 属 玫瑰杆菌属Roseobacter第 XVII 属 玫瑰变色菌属Roseovarius第 XVIII 属 红色单胞菌属Rubrimonas第 XIX 属 鲁杰氏菌属Ruegeria第 XX 属 箭头菌属Sagittula第 XXI 属 斯塔雷氏菌属Staleya第 XXII 属 斯塔普氏菌属Stappia第 XXIII 属 亚硫酸盐杆菌属(Sulfitobacter)第 IV 目 鞘氨醇单胞菌目“Sphingomonadales”第 I 科 鞘氨醇单胞菌科“Sphingomonadaceae”第 I 属 鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)第 II 属 芽单泡菌属Blastomonas第 III 属 赤细菌属Erythrobacter第 IV 属 赤微菌属Erythromicrobium第 V 属 红单胞菌属Erythromonas第 VI 属 产卟啉杆菌属Porphyrobacter第 VII 嘱 根单胞菌属Rhizomonas第 VIII 属 橙色杆菌属(Sandaracinobacter)第 IX 属 发酵单咆菌属Zymomonas第 V 目 柄杆菌目Caulobacterales第 I 科 柄杆菌科Caulobacteraceae第 I 属 柄杆菌属Caulobacter第 II 属 不粘柄菌属Asticcacaulis第 III 属 短波单胞菌属Brevundimonas第 IV 属 苯基杆菌属Phenylobacterium第 VI 目 “根瘤菌目”“Rhizobiales”第 I 科 根瘤菌科Rhizobiaceae第 I 属 根瘤菌属Rhizobium第 II 属 土壤杆菌属Agrobacterium第 III 属 嗜碳菌属Carbophilus第 IV 属 螯合杆菌属Chelatobacter第 V 属 剑菌属Ensifer第 VI 属 中华根瘤菌属Sinorhizobium第 II 科 巴尔通氏体科Bartonellaceae第 I 属 巴尔通氏体属Bartonella第 III 科 市鲁氏菌科 I 属 布鲁氏菌属Brucella第 II 属 枝面菌属Mycoplana第 III 属 苍Brucellaceae第 白杆菌属Ochrobactrum第 IV 科 “叶瘤杆菌科”“Phyllobacteriaceae”第 I 属 叶瘤杆菌属Phyllobacterium第 II 属 异根瘤菌属Allorhizobium第 III 属 氨基杆菌属Aminobacter第 IV 属 污水菌属Aquamicrobium第 V 属 废水杆菌属Defluvibacter第 VI 属 中间根瘤菌属Mesorhizobium第 VII 属 假氨基酸杆菌属 V 科 “甲基孢囊菌科”“Methylocystaceae”第 I 属 甲基孢囊菌Pseudaminobacter第 属Methylocystis第 II 属 甲基球形菌属Methylopila第 III 属 甲基弯曲菌属Methylosinus第 VI 科 “拜叶林克氏菌科”“Beijerinckiaceae”第 I 属 拜叶林克氏菌属Beijerinckia第 II 属 螯台球菌属Chelatococcus第 III 属 德克斯氏菌属Derxia第 IV 属 (Methylocella)第 VII 科 “慢生根瘤菌科”“Bradyrhizobiaceae”第 I 属 慢生根瘤菌属Bradyrhizobium第 II 属 阿菲波菌属Afipia第 III 属 土壤单胞菌属Agromonas第 IV 属 芽生杆菌属Blastobacter第 V 属 包西氏菌属Bosea第 VI 属 硝化杆菌属Nitrobacter第 VII 属 寡养菌属Oligotropha第 VIII 属 红假单胞菌属Rhodopseudomonas第 VIII 科 生丝微菌科Hyphomicrobiaceae第 I 属 生丝微菌属Hyphomicrobium第 II 属 臂微菌属Ancalomicrobium第 III 属 屈曲杆菌属Ancylobacter第 IV 属 角微菌属Angulomicrobium第 V 属 水杆菌属Aquabacter第 VI 属 固氮根瘤菌属Azorhizobium第 VII 属 绿芽菌属Blastochloris第 VIII 属 戴沃斯菌属Devosia第 IX 属 双歧微菌属Dichotomicrobium第 X 属 线状微球菌属Filomicrobium第 XI 属 芽殖菌属Gemmiger第 XII 属 双头菌属Labrys第 XIII 属 耗甲基杆菌属Methylorhabdus第 XIV 属 土微菌属Pedomicrobium第 XV 属 突柄微菌属Prosthecomicrobium碧 XVI 属 红微菌属Rhodomicrobium第 XVII 属 红游动菌属Rhodoplanes第 XVIII 属 塞里伯氏菌属Seliberia第 XIX 属 Starkeya第 XX 属 黄色杆菌属Xanthobacter第 IX 科 “甲基杆菌科”“Methylobacteriaceae”第 I 属 甲基杆菌属Methylobacterium第 II 属 甲基杆菌属Protomonas第 III 属 玫瑰单胞菌属Roseomonas第 X 科 “红菌科”“Rhodobiaceae”第 I 属 红菌属Rhodobium第 II 纲 “贝塔变形杆菌纲”“Betaproteobacteria”第 I 目 “伯克霍尔德氏菌 目”“Burkholderiales”第 I 科 “伯克霍尔德氏菌科”“Burkholderiaceae”第 I 属 伯克霍尔德氏菌属Burkholderia第 II 属 贪铜菌属Cupriavidu.