MS的sorption之我的经验谈

MS的sorption之我的谈 应版主wuchenwf的要求，让我另开一贴，谈论下关 于sorption模块的使用经验。因为我发现在这个版块里，帖子虽多，但是绝大多数是Castep或者是Dmol3，使用Sorption的人少之又 少，因而很多帖子没人回复，帖子沉得很快，就更难被人看到。但是有个好处是，使用Sorption的人尽管做的体系不同，但是思路方法是很接近的，因而很 有必要经常一起交流。 废话少说，开说正题，我个人接触Sorption约3个月，由于有师兄指导，因而上手还算挺快的。目前我只做到多孔材料吸附单组分气体，后面的还需摸索，所以就先讲这么多，后面做到了再补充。 我按照一般计算的流程讲解下吧：     1，需要到相关晶体数据库下载要模拟的结构，无机材料的就到ICSD上下载，有机材料的就到CCDC上下，MS自带的结构比较少，大多数情况需要使用数据库。数据库下载到的文件是.cif格式，这个是可以直接导入到MS里。这里提供网络版的ICSD和CCDC， ICSD： http://icsdweb.fiz-karlsruhe.de/ ... _range=&ncoord= CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/cgi-bin/catreq.cgi 需要注意的是这里网络版的ICSD可以提供检索，CCDC需要你提供你需要下载的结构的原文献出处和CCDC号，一般文献后面或者Supporting Information里会提供，如果没有，再考虑使用本地数据库。主要是本地数据库占硬盘，而且需要破解，比较麻烦。     2，有了吸附剂，那么就需要吸附质。吸附质分子一般都是小的气体分子，可以自己动手建，然后使用Forcite进行优化，选择力场的原则是计算的分子的结 构接近真实值。这里有个问题我还没解决就是像CO，N2等分子，在文献中使用的是COM模型，在两个原子距离的中间设置电荷，我不知道MS能否实现，如何 实现，这个还希望知道的朋友不吝发言。     同时导入的吸附剂也是需要优化的，一般打开的.cif文件里的键是很混乱的，由于某种原因（没学过晶体学），文件中会多一些原子，你应该根据文献删去它 们。然后使用Build/Bonds，来计算键，一般选择“No bonding to s- and f-shell”，勾上moniter bonding，基本上键就连接上了，如果有不正确，自己手动修正。     3，有了吸附质和吸附剂就可以使用Sorption模拟了，这里建议选择Fixed Pressure这个Task，因为Sorption模块的输入值是Fugacity--逸度，而我们做论文时，横坐标是压力。对于理想气体（高温低 压），两者没有什么区别，但是在高压情况，逸度就要小于压力了，所以在这里需要使用Peng-Robinson方程来计算该气体在你给定温度和压力下的逸 度系数，然后逸度=逸度系数×压力（对于单组分，多组分以后谈），这样才能作为输入值。     4，计算的结果单位是N/u.c.，就是每个晶胞吸附的气体分子个数，我师兄告诉我，它是等于mol/mol，我想这里应该是近似看做1mol的晶体有的晶胞数是阿伏加德罗常数吧。然后你可以转换为任何单位都不是问题了。     5，GCMC计算的结果是绝对吸附量，文献上的实验值一般是超额吸附量，两者需要转化，这个文献上经常提到，超额吸附量=绝对吸附量-晶体的自由体积×气体的密度，这里气体的密度也使用PR方程求解的。自由体积文献上一般也有。     6，做snapshot图，当你选择Fixed Pressure这个Task时，点击旁边的More，会看到Return snapshots，你选择每多少步返回一次。计算结束后，会生成一个#格#，打开后，第二列都是每次返回的snapshot，都是xsd文件，可以双击打 开，打开后就是在文献上看到的样子。     7，如果计算密度分布，或者能量分布，只需要在计算前在Properties里勾选相应的选项，就能在结果里显示。 暂时就想到这么多，以后想到再补充吧。